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回到真新镇后的小茂直接朝着大木博士的研究所走去，估计现在大木博士还在真新镇的教堂里为明天为新人所准备的初始神奇宝贝做电视演讲，一时三刻也不会回来，此时的研究所内也是空无一人的。
来到研究所门外，小茂不禁有些伤感。三年，整整三年的时光，想到自己离开这里也已经有三年的时间了，但脑海中在这里和这个世界的亲人之一的大木博士诀别被父母带往城都地区时的场景仿佛昨日般浮现。感慨万千的小茂拿出了自己小时候为了方便来研究所学习而偷偷配的钥匙打开了研究所的大门。
打开大门，一股既熟悉有令人怀念的气息扑面而来。走进研究所，这里十年如一日的陈设让小茂不禁回忆起许多童年的回忆。小茂一手游历着靠在墙壁的书架，脑海中不断的涌现着儿时的记忆。
不知不觉中，小茂走到了存放关都地区御三家的仪器台前。打开仪器台的玻璃罩，三颗开关上各有绿叶、水花和火焰标志的宝贝球赫然出现在眼前。抱起三颗宝贝球，小茂想也不想的往上一抛，三道白光闪过，妙蛙种子、杰尼龟和小火龙就出现在小茂的面前。
虽说明天才是出发的日子，但小茂却利用身份的优势，提前接触到了初始神奇宝贝，毕竟培养和神奇宝贝们的感情要从小抓起，小茂自然要抢先一步选择出适合自己的神奇宝贝。动画中，和小茂小智一起出发的还有两名真新镇的训练家，但在武士少年之后，动画中就没见对他们的提及，直至小茂和小智在大木博士研究所中相见的时候，才从大木博士的口中得知，从真新镇出发的新人训练家有四人，但只有小茂和小智回来了，而另外两人已经不见踪影。
三只十分可爱的神奇宝贝出现在自己的面前，小茂不禁想到三只神奇宝贝的最终进化形态，妙蛙花、水箭龟和喷火龙哪只不是面目狰狞的神奇宝贝，两者相较一些，与之前的最初形态简直是有着天壤之别。三只神奇宝贝各有各的特色，见到了从未见过的小茂。妙蛙种子一脸低头害羞状，而杰尼龟则四处张望起来，似乎在找寻这什么。一旁的小火龙倒是上下打量了下小茂后就一脸高傲的将双手交叉于胸前。
“出来吧飞天螳螂！”为了更好的比较出三只神奇宝贝的优势，小茂放出了飞天螳螂。
高傲的战士一出场，双刀一挥，一股莫名的寒气便油然而生。三只神奇宝贝看了眼飞天螳螂后，妙蛙种子立马吓得瑟瑟发抖，龟缩在杰尼龟的身后。相较于妙蛙种子的胆怯，杰尼龟和小火龙则显得好多了。
丝毫没把飞天螳螂放在眼里的杰尼龟一个笑脸后，立刻跳跃起来，对着飞天螳螂就使出了泡泡，但飞天螳螂手起刀落，一瞬间，所有的泡泡都被击破。落地后的杰尼龟水汪汪的大眼一直盯着高傲的飞天螳螂，丝毫没有任何的畏惧。
“不错，很有胆量的杰尼龟，不愧是动画中小茂所选择的伙伴，小茂的眼光很不错。”此时的小茂也不禁为动画中小茂的眼光所折服。眼前的这只杰尼龟丝毫不怕生，不会被对手的威严所吓到，是个值得培育的神奇宝贝。
已经明白自己明天所要选择的神奇宝贝是哪一只后的小茂正当要将三只神奇宝贝收回时，在挠了挠脑袋的杰尼龟一个鬼脸后，立刻转身逃跑，朝着研究所的后院跑去。
不好，大木博士的后院是专门让其它真新镇出发的训练家寄回的神奇宝贝饲养的地方，那里不仅有各式各样的神奇宝贝，也有不少是原本就栖息在那里的野生神奇宝贝。野生神奇宝贝没有被驯服过，野性难驯，万一杰尼龟遇上了，那可是就出出大事的。
想到这的小茂立刻将妙蛙子收回，放回到仪器台中，当小茂要将小火龙收回时，回头一看，小火龙的身影早已不见。
“追~”无奈，既然麻烦是自己惹出来的，那么久得收拾残局的小茂只好和飞天螳螂一起冲到了后院。
一来到研究所的后院，小茂顿时就惊呆了。比起三年前的后院，大木博士在这三年里不断的开发，动画中出现过的后院也只不过展露了后院的冰山一角而已，此时的后院已经不能称之为后院，其规模完全可以匹敌自然公园。闲话少叙，跳上了飞天螳螂后背的小茂立刻指挥着飞天螳螂从空中开始寻找两只神奇宝贝的踪影。
“找到了！”
飞天螳螂虽然有飞行的属性，但体型只比小茂高一个头的飞天螳螂带着小茂飞行还是有些吃力，连续飞飞停停后，飞天螳螂的呼吸就有些变重。感受到飞天螳螂些许轻微变化的小茂还是采用步行，在一系列的神奇宝贝指引下，小茂最终还是在一个清澈见底的水池发现了杰尼龟的身影。一道红光闪过，还没享受够的杰尼龟就被收回到了宝贝球中。
一阵嘈杂的马蹄声响起，小茂顺声望去，一群小火马在一只烈焰马的带领下向西急速奔驰着，让小茂万万没想到的是，小火龙此刻正骑在领头的烈焰马身上，潇洒驰骋着，丝毫没有一点的危机意识。
正好此时一群肯泰罗向着小茂的方向奔跑而来，收回飞天螳螂的小茂也看准时机，跃上了一只肯泰罗的后背。在肯泰罗颠簸的后背上，小茂紧紧的抓住肯泰罗的双角，用力一拉，三年时间在湛蓝道馆所锻炼出来的力量在此时得以体现，只懂得往前狂奔的肯泰罗被小茂掉头向西，追着烈焰马群跑去。
烈焰马和小火龙的马蹄不断的践踏所卷起的一阵狂沙不断的迎面而来，骑在肯泰罗身上的小茂真的是有苦说不出。双手只能紧紧的抓住肯泰罗角的小茂，根本没有能力去挡扑面而来的风沙，只能任由风沙击打着自己还算俊俏的脸庞。
奔跑了许久，或许是累了。在路过一座岩山后，小火龙便跳下了烈焰马马背，看了眼高耸的岩石后便开始朝山顶爬去，见到如此的小茂也只好跳下肯泰罗的后背。拍去身上和脸上的尘土，小茂此时的内心一万只烈焰马奔腾而过，实在是不明白小火龙想要干什么的小茂也只好硬着头皮爬上了岩石。
一路上小茂见到了不少的岩石神奇宝贝在此居住，岩石的山脚大都居住着一些小拳石和穿山鼠之类的神奇宝贝。往上，便是隆隆石和穿山王的地盘了。虽然每走一步，小茂都会被警惕的眼神所盯着，但这些大都是有训练家的神奇宝贝，对小茂还没有太大的敌意，只要小茂没有主动的攻击它们，相信它们也是不会主动的攻击小茂的。
越走越高，衣服已经被汗水浸湿的小茂在路过属于一群隆隆岩和大岩蛇的地盘后，心里感觉越来越奇怪了。从岩石的山脚到这里，小茂看到了不少的岩石小精灵和地面系小精灵居住着，可是越往高处走去，神奇宝贝的数量开始逐渐减少，小茂相信，这座岩石上，一定有那些神奇宝贝所忌惮的东西存在着，不然它们不会不敢居住在山顶的。
不久，小茂所处的地方彻底的失去了神奇宝贝居住的踪影后，一声巨响爆炸声响起，随后一股浓烟也开始升起。意识到不对的小茂立刻朝着浓烟的方向跑去……
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