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轩辕位登人皇便开始划分州野，加强中央集权，不过却有九黎部落不尊轩辕号令，这九黎部落却是巫族的一个分支，为当初大战之后剩余的一些巫族巫众组成，当年巫妖大战之后众圣忙着修补天地，这些实力低微的巫众无人问津便蚩尤大巫的带领下聚集一处形成这九黎部落，繁衍生息，在这凡人界扎下根来。人族大兴，轩辕划分州野加强集权，这些巫众虽然于巫族之间实力较弱，但对比人族来说，却是身坚力悍，而这九黎部落以巫族后裔自居，看不起人族，在大巫蚩尤的带领下，不服人族管教，诛杀无辜，是故大战一触即发。
而青莲得知自己此量劫之内不能逆转天道，便将屠巫剑炼制一番,即是人道圣剑——轩辕剑，青莲将轩辕剑交予孔宣并吩咐孔宣照看人族之后，便同神农来到无争天。青莲不忍见到逐鹿之战，便留在无争天为千万人族讲到。
九黎部，有蚩尤兄弟81人，号称是神带的后裔。这81人全都是兽身人面，铜头铁额，不含五谷，只吃河石。他们不服从黄帝的命令，残害黎庶，诛杀无辜。又制造兵杖刀载大弩，与黄帝为敌。黄帝遂顺民意，征召各路诸侯兵马讨伐蚩尤。历经15旬后，也未能打败蚩尤，只好退兵。为此，黄帝忧心仲仲，日夜盼望能有贤哲辅佐他，以灭蚩尤。有一天晚上，他梦见大风吹走了天下的尘垢。接着又梦见一个人手执千钧之弩驱羊数万群。醒来后，心觉奇怪。暗想，风，号令而为主；垢，是土解化清，天下难道有姓风名后的人吗?千钧之弩，是希望为能致远，驱羊数万群，是牧人为善，难道有姓力名牧的人不成?于是便派部下在天下到处访寻这两个人。结果在海隅找到了风后，在泽边找到了力牧。黄帝以风后为相，力牧为将，开始大举进攻蚩尤。在涿鹿郊野，两军摆开阵势大战。蚩尤布下百里大雾，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。黄帝便令风后造指南车，不过却遇到蚩尤八十一兄弟布下的九幽大阵，轩辕被九幽大战堵在逐鹿之地，整整一个月时间一无寸进。
轩辕正在帐中同风后、力牧等人商议如何破阵勤敌，门外来报说人族护法孔宣来此，轩辕忙带领众人出去迎接，在帐门外见到一人约二十上下，身着一袭青色道袍，从容自若的站在那里，正是孔宣护法，轩辕等人忙孔宣拦住轩辕道：“人皇不可如此。”轩辕还要拜却被孔宣托住只好站了起来，孔宣待得众人起身后，取出轩辕剑道：“此乃师尊将人族冤魂所制屠巫剑炼化，反后天为先天，并以大道箴言加持，可聚人族士气提升战力。”孔宣说完将剑交予轩辕。轩辕接剑谢过圣父孔宣之后，看着手中四尺长剑，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策。拿在手中勇气、智慧、仁爱……等感觉直冲元神，轩辕提剑在手，今日来对九幽大阵无奈低落的情绪一扫而空，精神大振，招呼众人回到帐内开始招兵点将，准备打破九幽大阵生擒蚩尤。不想轩辕刚进的帐内，门外又是一声通报，这次是广成子同师兄弟前来，轩辕上前见过广成子老师后，众人一同进账，孔宣一见十二金仙一个不差全都来了，而广成子几人见到孔宣也是微微一愣，不过想到孔宣身为人族护法也不很奇怪，上前见礼过后，轩辕开始点将，三日后开始破阵。
三日后，乃是烈阳高照，晴空万里无云，正是破阵好时机，风后带领十万精兵从东方入阵，广成子、赤精子、黄龙真人跟随压阵，力牧带兵从南方杀入，惧留孙、太乙真人。灵宝**师跟随压阵，常先带兵从西方入阵，文殊广法天尊、普贤真人、慈航道人跟随压阵，大鸿带兵从北方入阵，玉鼎真人、道行天尊、清虚道德真君跟随压阵，孔宣跟随轩辕直入阵中。
大军入阵后，蚩尤显出大巫真身，乃是三头六臂，八只脚定在地上，而蚩尤八十一兄弟也都个个显出兽身人面，铜头铁臂猛运转九幽大阵，忽然天昏地黑，浓雾迷漫，狂风大作，雷电交加，天上下起暴雨，九幽地府阴气笼罩整个战场。孔宣挥手放出无色神光将方圆百丈阴气浓雾驱散，却并未再有动作，只是在轩辕身边守护，广成子等二十金仙个个显出庆云三花，灵宝护身，在阵中冲杀，只见广成子三花漂浮，三花之上落魂钟不断震动，将周身大阵暂时定住，而广成子却是趁机雌雄剑一阵砍杀，赤精子身穿八卦紫寿仙衣护体，阴阳镜向着阴气汇集指出连连射出白光，将阴气打散，唯有黄龙真人无甚法宝，只好显出真身，在阵中来回冲杀。其他三个方向也是大同小异，众人都显出灵宝毫无顾忌的向着阵中冲杀。
在十二金仙全力冲杀之下，九幽大阵渐渐失去威力，显出本来面貌，这时东南西北四路大军，加上轩辕共五路大军将蚩尤团团围住，蚩尤的八十一位兄弟也大都死在十二金仙手中，仅剩蚩尤一人，轩辕走下战车对蚩尤喝道：“蚩尤，你残暴不忍，带领族人挑起战争，使得生灵涂炭，如今你已是穷途末路，还不快快束手就擒。”蚩尤看着八十一位兄弟个个惨死，蚩尤双眼寒光直射，带着无尽的怨恨环视一周，仰天怒吼道：“天道不公，觉我巫族，我永不甘心！永不甘心！”十二金仙几人被看蚩尤扫过一眼，直觉浑身一阵寒意上升，再听蚩尤怒吼，惧留孙却是看不下去，挥手放出捆仙绳将蚩尤困住，道：“你等巫族逆天行事，天道不容，且容你在那乱吼。”
擒下蚩尤之后，孔宣同十二金仙向轩辕告辞，轩辕带领大军压着蚩尤凯旋而归，待回到都城之后，轩辕下令将蚩尤斩首示众，不料蚩尤大巫之身寻常兵器却是伤不得蚩尤分毫，蚩尤站在那里哈哈大笑，嘲笑轩辕无能，轩辕见此，提起轩辕剑，向着蚩尤颈部一剑划过，蚩尤头颅被看落在地，轩辕又是四剑，将蚩尤四肢也斩了下来，下令将蚩尤肢体分别封印在天地五方，使之不得完尸。
至此逐鹿之战之后，天下始归一统。于是轩辕制礼兴乐，教化百姓。同时还发明各种器具用物，方便日用。其中伯余造了下衣，於则做了鞋子。百姓们从此不再穿兽皮树皮。黄帝还依浮叶飘于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行于水上。又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。黄雍父发明了春，黄帝接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸饭烹粥。他还确定了天下万物的名称，划分星度为28宿。以甲乙十天干纪日，以子丑十二辰来纪月，而六旬为一甲子。如此又有时空观念。史称当时的百姓"甘其食，美其服，乐其俗，安其居。"一派太平景象。
而在轩辕斩杀蚩尤之后，洪荒大地巫族全灭，六道轮回中后土也是双眼泪如雨下，却是天道限制，不能出手相救，只好眼睁睁看着最后的巫族被天道借得轩辕之手灭去。
谁说圣人无情，却是未到至情时，君不见元始天尊为的弟子，大破九曲黄河阵，击杀三霄。据不见通天教主一怒之下大摆诛仙剑阵。圣人虽然元神寄托虚空融入天道，却并不是天道，每个圣人都有心中的执念所在。
正当后土为巫族灭绝，自己束手无策，伤心自悔之际，突然间整个六道轮回一阵巨震，接着射出光柱直插云霄。一阵浩大诡异的威压瞬间扩散至整个洪荒，后土被这剧烈的变化惊醒，这六道轮回可是她一身所化，后土自是紧张，也顾不得伤心急忙赶往光柱之处查看。