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自朱温变节后，孟楷就是黄巢最倚重的大将，孟楷一死，黄巢差点心疼死，为了拿下陈州，黄巢和秦宗权合兵来来战。 唐中和三年（公元883年）六月，黄巢军攻到陈州城下，黄巢下令狂攻。赵犨知道黄巢这次是玩真的，激励将士：“吾等受皇帝陛下大恩，今日必当死报，头可断，膝不可屈！敢议降者，别怪我赵犨翻脸不认得人！”唐军尽力死战，箭飞如雨，木石齐下，黄巢没拿下来，倒被赵犨率军出城，痛击一阵，折了一场。
黄巢大怒，在城北下营，让尚让守太康（今河南太康），黄邺守西华（今河南西华），互为犄角之势，浴血吃掉赵犨。赵犨虽然顽强，但力寡不敌，速派敢死士突围去汴州、许州、徐州，请速来援，十万火急。朱温对此不敢大意，陈州要是丢了，黄巢下一个就要找他算账，联合周岌和感化军（治今江苏徐州）节度使时溥领兵前来陈州。
朱温非常了解黄巢，决定先给前主子一个下马威，唐中和三年（公元883年）十二月，朱温率军南进鹿邑（今河南鹿邑），大败黄巢军，斩首二千多级，然后进入亳州（今安徽亳县）。
不过瘦死的骆驼比马大，黄巢的实力还是高出这几路援军一头。几人为了搬救兵，同时想到了河东节度使李克用，写信寄给李克用，请兄弟过来帮忙。李克用和朱温这时的关系还算不错，何况如果能灭了黄巢，可以从唐朝那里得到更多的政治资本，当然愿意。
唐中和四年（公元884年）春，李克用带着五万胡汉劲卒南下，经潞州（今山西长治）、泽州（今山西晋城）、过河中，走洛阳、汝州（今河南临汝），会合朱温等部。
这时赵犨已经在陈州坚守了近一年，虽然人越打越小，但唐军的守城决心却越打越强。看到这一场景，好象又回到了安史之乱时，安禄山大将尹子奇围困睢州城，张巡许远固守的悲壮时代。两者的情况虽差不多，但意义却大不相同，首先安禄山造反是非正义的，他所代表的不过是一些地主阶级和奴隶主阶级的利益，而黄巢所代表的是受地主阶级残酷剥削的农民，黄巢的“造反”是正义的，但在封建史家看来，赵犨的“忠诚”却不逊于张巡。
唐中和四年（公元884年）四月，各路军阀合兵一处，南进太康，尚让出军与联军大战城外，联军人数差不多有十万，其中有五万沙陀兵，尚让哪能吃打得起？联军大胜，斩杀万余人。随后趋进西华，黄邺太给哥哥丢脸了，仗还没打，黄邺就撤了。联军跟着黄邺，追到陈州北郊。是值天降大雨，雷电交鸣，磅礴直下，水深数尺，黄巢军营被大水冲走，大溃而去。黄巢见陈州来了援军，只好撤围，陈州守了一年多，终于没被黄巢攻下来。各军自回本镇，李克用完成任务后，来到许州进行休整。
黄巢不想和李克用纠缠，转攻朱温，唐中和四年（公元884年）五月，黄巢北向攻汴州，以尚让为先锋，带着五千铁骑兵先趋汴州。朱温哪甘心老巢被抄，忙派大将朱珍、庞师古出御敌军。再遣使去许州，请李克用再来帮帮忙。李克用也真够意思，说去就去，带领胡汉兵急赴汴州。
在中牟附近的运河渡口王满渡正巧赶上黄巢的大军，李克用二话不说，从后面就杀。黄巢只想着去取汴州活捉朱温，没想到后面居然杀出了李克用。黄巢军没有防备，被李克用杀了个痛快，起义军大败，黄巢趁乱逃去。
二号人物尚让走投无路，投降了驻扎徐州的武宁军节度使时溥。而黄巢大将李谠、杨能、霍存、葛从周、张归霸、张归厚等人投降朱温，葛从周后来成为梁朝名将。
兵法云：“斩草除根，不留后患！”李克用舍了老本也要追上黄巢，狂奔二百多里路，过胙城（今河南延津东北）、匡城（今河南长垣西），一直追到黄巢的老家冤句（今山东曹县）。李克用轻骑出击，粮草没带够，眼见得黄巢逃了去，只好回到汴州，补充一下军粮，再去追杀黄巢。
没想到朱温这时对李克用动了心思，朱温不是不知道，李克用是收复长安的首功之臣，地位实力都远强于自己，而且李克用的能力也在那明摆着，李克用必然是朱温日后谋取更大事业的过程中不可逾越的障碍，朱温一时狠劲上来，决定除到这个祸害。
同年五月，朱温在汴州“热情款待”了李克用，在酒宴上称兄道弟，好不亲热。李克用性情直爽，被朱温的假象给迷惑住了，酒罢就在上源驿休息。朱温觉得时候差不多了，便派部将杨彦洪领着亲兵去帮助李克用“得道成仙”。李克用手下的侍卫发现了汴军，大呼：“大帅快起来，朱温来杀我们了！”李克用喝的太多，准备睡去，听到外面大喊，急忙抽剑自卫。杨彦洪在外面放火，准备烧死这个沙陀人。
哪知李克用命不该绝，这时天降大雨，雷电交加，雨如倾盆，数步之外不近人面。李克用等人趁大雨逃出魔掌，回到大营，清点人员，发现死了两员大将陈景思和史敬思。李克用痛骂朱温小人，要率军找朱温报仇。夫人刘氏劝他：“朱温不是个东西，我们应该去找皇帝讲理，事非曲直，自有公断。如果以暴易暴，我们本来有理也变的没理了。”
李克用觉得有理，恨恨的说：“朱温如此无耻，早晚不得好死！”便撤军回到晋阳，把事情的经过上奏朝廷。唐朝这时两头为难，都不敢得罪，就好言劝慰李克用，封李克用为同平章事、陇西郡王。李克用这时的战略目标是扫清河北一带，暂时还打不到河南，便先咽下这口恶气，以后再说。
朱温果然是个“无赖”性格，李克用和他无怨无仇，本没来由算计李克用。朱温做的太过绝决，明显不占理儿，不过也不必过于责备朱温，乱世时代，讲的是结果，而不是过程，成者王侯败者贼，谁还管你这个。项羽号称英雄，不也设过鸿门宴要算计刘邦吗？还要烹刘邦的老爹，后人倒没觉得什么，又何必对朱温锱铢必较。
黄巢一直跑到泰山才惊魂稍定，发现自己的手下居然只有一千多人。想当初进入长安时，何等的威风；称帝的时候，又何等的气派，可现在居然落了这个田地。
李克用辛辛苦苦的追赶黄巢，想“借”黄巢的人头立下首功，可惜白忙一场，倒是便宜了徐州的时溥。时溥得知黄巢兵败逃到泰山，不禁大喜，天上掉下了一个大馅饼，不吃才是傻子。
中和四年（公元884年）六月，时溥派部将李师悦前去“借头”，在莱芜附近找到黄巢，将黄巢手下的千把人打的大败（真威风！）。黄巢率残众逃到狼虎谷襄王村，黄巢发现自己已经无路可逃。又不能投降，降了也是死。黄巢已经心灰意冷，长叹：“想吾起事以来，转战千里，无不胜。今日如此，盖天意乎！”
黄巢拔剑自刎，可能是用力太小，没有断气，黄巢忍痛让自己的外甥林言快给自己一刀。林言见形势至此，多说无益，拿着舅舅的人头也可以将功免罪，一刀下去，黄巢人头落地。一代枭雄黄巢，就此结束了他轰轰烈烈的人生，唐朝末年波澜壮阔的农民大起义也以失败告终。
林言把舅舅的人头送给李师悦，李师悦将一干人等都带回徐州，交给时溥。时溥真是好运气，李克用种树，他摘果子。果然唐朝后来确定时溥功劳第一，进位宰相，钜鹿郡王，时溥一时风光无限。其实如不是李克用把黄巢追到了时溥的家门口前，时溥天大的本事也奈何不了黄巢。
唐中和四年（公元884年）七月，感化军节度使时溥献黄巢人头并其家人姬妾于成都，群臣舞蹈三呼，拜贺巨魁枭首。唐僖宗在大玄楼上举行受俘仪式，唐僖宗看到曾经失。节于黄巢的原长安士女，不禁怒向胆边生，喝骂道：“你们都是勋贵子女，国家待尔等不薄，为什么要失。节黄巢？！”众女俯首无语。
为首的那个女子毫不示弱，仰首回答：“国家雄兵百万，却奈何不了一个黄巢，失社稷，丧宗庙，播越巴蜀，为天下所笑。今陛下不责公卿将帅，反责我等弱女子，耻乎不耻！”
唐僖宗被她给问住了，黄巢入长安时，大批公卿贵族向黄巢屈膝，真正让天下耻笑的是他们这伙贵人，徒责几个弱女子，有什么意思？唐僖宗挥手令皆斩于市中。市人看她们着实可怜，送她们酒喝，叹道：“喝醉了再上路吧，醉后挨刀，不觉痛。”众女争抢酒，喝醉了哭倒于地不醒人事，只有领头的那个女子不喝酒，也不哭，仰天就刑，众女各挨了一刀。
黄巢死了，不仅标志着唐末农民大起义的正式失败，而且标志着五代十国的大幕正式拉开，此后的唐朝虽然还存在了二十多年，但唐朝存在的意义不过是各路军阀为了扩大实力而暂时借用的一块金灿灿的招牌，就比如汉献帝一样，刘备不也是打着大汉皇叔的招牌四处拉“赞助”了吗？
对于黄巢的失败，王夫之认为：“黄巢虽横行天下，流寇之雄耳。北自濮、曹，南迄岭海，屠戮数千里，而无尺地一民为其所据；即至入关犯阙，走天子、僭大号，而自关以东，自邠、岐以西北，自剑阁以南，皆非巢有；将西收秦、陇，而纵酒渔色于孤城，诚所谓游釜之鱼也。”王夫之的评价非常到位，王仙芝和黄巢一直奉行流寇主义的战略，打一枪换一个地方，这样虽然机动灵活的行军，但没有自己的战略根据地，四处打游击，只能是自绝后路，破釜沉舟之举，非大勇大略不可为之。一旦遭到战略性失败，就把自己推到了悬崖边上，除了掉下万丈深渊，摔的粉身碎骨，没第二路可以选择。
在封建时代的任何一部记载黄巢起义的史书中，都毫不客气的把黄巢和跟随他造反的农民们称之为“贼”，因为写史书的都是地主阶级的知识分子，地主阶级和农民是完全对立的两个阶级，造谣污蔑泼脏水是再自然不过的事情。
在这里顺便提一下引起后世极大争议的一首诗，就是唐末著名诗人韦庄写的《秦妇吟》，韦庄在诗中极力描写黄巢起义军的“残暴”，说黄巢到处杀人放火，但其中最有名的一句“内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨。”却充分暴露出韦庄这个地主阶级知识分子的虚伪，原来黄巢杀的不过是些封建官吏。唐安史乱后，唐朝的土地兼并越来越严重，老百姓受尽了这些“公卿”的残酷压迫，难道还不允许老百姓造反吗？
当然农民起义军也犯过打击面扩大化的错误，农民起义军也有他们不可克服的历史局限性。但不能就此来否定农民起义，农民起义是推动历史发展的一个重要手段，这点我们不应该否认。