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大西洋联邦宇宙军实行典型的军政，军令分开体制，其行政管理和作战指挥系统各自相对独立。联邦海军部是最高行政领导机构，隶属大西洋联邦国防部，主要负责制定宇宙军的战略规划、经费预算、政策法令、军官普升和后勤管理等事务，没有作战指挥权。
大西洋联邦宇宙军作战部是大西洋联邦海军最高军事职能部门，隶属联邦宇宙司令部，作战部不直接指挥部队作战，平时主要负责宇宙舰队的行政管理、军事训练和制定装备展计划，战时向各舰队司令部提供作战部队。联邦宇宙军的作战指挥由其所在的舰队司令部组织实施。宇宙司令部作战部长是宇宙军最高军事长。直接对宇宙军司令长官负责，宇宙军作战部队实行行政编组和任务编组双重组织体制。
行政编组，也称舰队编组，是宇宙军的永久性编组。大西洋联邦宇宙作战部下辖第1，2，3，4，5，6，7和第8舰队，第1，2，3，4，5，6舰队司令长官为少将军衔；第6，7，8舰队司令长官为准将军衔，参联会驻月球中央司令部司令长官为中将军衔，中央司令部分别下辖航空兵部队司令部、特殊舰艇部队司令部、6战部队司令部。所有兵种司令部对所辖部队无作战指挥权。主要负责所辖部队的行政管理和物资技术保障，实施人员调动、分配、后勤保障及组织训练。其中空兵部队司令部、特殊舰艇部队司令部、6战部队司令部为上校军衔联邦宇宙军6战队虽然隶属于宇宙军司令部，但是有独立的组织系统。6战队总司令部设在华盛顿，军衔少将。副司令驻月球，军衔准将，按行政编组分为各个舰队6战队司令部，在作战编组上归舰队司令指挥，军衔上校。各舰队6战队司令部下辖远征军。
作战编组，又称任务编组，联邦宇宙军分为编号舰队、特混舰队、特混大队、特混小队和特混分队。具体兵力组成根据任务需要而临时编队，任务完成后各部队返回原行政建制单位。目前，联邦宇宙军战区作战编组如下
驻月球托勒密基地驻留舰队——下辖第1，4，5，6，7舰队
新星驻留舰队——下辖第2，3舰队
驻地球低轨道舰队——第8舰队
大西洋联邦宇宙军军官由现役军官和后备役军官组成。军衔分为1o个等级，
尉官：少尉、中尉、上尉
校官：少校、中校、上校
将官：准将、少将、中将、上将
其中上将分为四星上将和五星上将，在和平时期不设置五星上将军衔，只对战争中战功突出、功勋卓著的高级将领晋升五星上将军衔。联邦宇宙军在军官和士兵之间设置准尉军衔，主要适用于从事专业技术的的军人，比如水手长、轮机长等职务。准尉军衔分为四个等级，即一级、二级、三级和四级。只晋级不晋衔，即四级准尉可以晋级三级、二级或一级准尉，但是不能晋升少尉。
宇宙军军官的选拔和晋升非常严格，现役军官一般来自于军官学校，如安纳波利斯海军军官学校、候补军官学校和高等学校开设的后备军官。在战时可以直接提拔有才能的士兵为现役军官。
其中优秀军官会进入大西洋联邦海军（注1）军事学院深造。军官晋升由参联会军官晋升审选委员会负责具体实施。审查的内容以晋升军官的职务和要求而定，校官和将官的晋级都必须进入大西洋联邦海军军事学院深造。
但军官晋升的最基本要求还是服役年龄，一般而言，少尉和中尉的晋升都必须服役3个月，上尉晋升须服役半年，少校和中校的晋升也必须服役1年以上，到上校军衔军龄必须达到3年。少将军衔和中将军衔军龄必须达到5年以上。上将军衔军龄必须达到15年。
将官的晋升必须经过大西洋联邦国会批准，不得过国会的法定名额，且晋一退一。也就是说，一名校官要晋升为将官，必须有一名将官退役才可以。据统计，联邦军官中，少尉晋升到将官的比例为2%，如果是作战指挥军官，其比例还要低！
注1：因为宇宙军的指挥人员多来自海军，所以指挥官多是海军军衔。但是其航空兵多为空军军衔，这是因为宇宙军建立之初就是混合兵种