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第二天，千钧与新一在帝丹高中会合，二人商量一下就立即逃课，匆忙驱车赶往警视厅，果然警视厅出了大案子。东京市副市长夏咲样平突然在医院中意外身亡，鉴识科确定是服用超量某种aT药品中毒身亡。警视厅目暮警官亲自带队详细调查了负责病房的医生、护士和清洁工，没有发现任何破绽。值班的医生说当天晚上夏咲样平声称肚子疼，主动要求开一瓶aT药品。
护士说，事发当晚，夏咲样平精神极度抑郁，情绪很不好。他的秘书大塚曹男也声称夏咲样平正在接受上层关于他是否受贿的调查，后来证明确实有此事，但受贿之说暂时查无实据。于是目暮警官他们开始怀疑夏咲样平是自杀，但是他的女儿夏咲美富坚持不肯相信父亲是会自杀的，因为父亲那天还答应她一起去樱花渠踏青，顺便看望孤儿院的孩子们。所以夏咲美富就托了佐藤警官请工藤新一来帮忙调查一下。
新一很快就开始约见所有的相关人，重新听取他们的口供，经过调查新一很快就发现当天晚上还有一个女人到过夏咲样平的病房，而且当值的护士西城陈子在说谎话。这时候千钧第一次见到了传说中的高木警官，人长得挺帅气，就是有点畏畏缩缩的，有时候很搞笑。这家伙现在刚到警视厅不久，还是个菜鸟，跟着目暮警官身后跑龙套，没事的时候总偷着看佐藤警官。
高木对新一的推理非常惊讶，不自觉的就开始执行新一的指令，让目暮警官大为恼火，到底谁才是他的顶头上司。接下来千钧用特殊能力的终端激波稍微刺激一下那位西城陈子，陈子在害怕之下交待，那天晚上自己的表姐加纳雁子曾经到过夏咲样平的房间，这位加纳雁子与夏咲样平有些不正当关系，她也是怕受到牵连才没有说。目暮警官大怒，顾不得责怪陈子做假口供，命令高木马上带队去抓加纳雁子，可等高木赶到时候，加纳雁子却失踪了。
过了两天后，佐藤再次来学校找到新一和千钧，告诉他们一个不好消息，西城陈子被不知名的人给绑架了。可是新一反而觉得这个案子开始有点头绪了，千钧再次借助了黑闪的惊人追踪能力，一直带着警视厅的人马赶到一个郊区附近的小区，成功找到了一个贩卖女子的犯罪团伙，西城陈子就在其中，加纳雁子竟然是这个团伙的联络人。
高木警官觉得立功的机会到了，兴冲冲的杀了进去，大叫我是警察举起手来，结果被犯罪团伙开枪打伤了手臂，多亏了佐藤及时开枪相救，才保住小命。目暮警官很快就指挥警察们经过一番枪战后抓住所有的犯罪分子，把最近失踪的妇女全部救了出来。
恼怒万分的目暮警部对高木不听从命令擅自行动的行为大加训斥，高木一脸沮丧，佐藤帮忙求情，“好了，目暮警部，高木也是第一次出这么大的任务，难免有些紧张，而且他还受伤了。你就原谅他一次吧。”目暮警官只好点了点头，“那就看着佐藤警官份上，这次就算了。真是的，早知是是这么危险的行动就不带你这个菜鸟了。”高木在旁边不停道歉，“哈伊，对不起，目暮警官。我下次一定会听从你的行动安排的。”
然而抓到的加纳雁子声称当晚确实进入夏咲样平病房，二人发生关系后，她洗完澡就直接离开了，当时夏咲样平情绪非常低落，声称活着没有意思，不如自杀了事。这时候搜查课其他几位警官在夏咲样平的住处找到他藏匿的大量现金和珍贵宝石，证明是他受贿的证据。所以松本警视也认为这个案子可以以夏咲样平自杀结案。但是工藤新一坚决不同意，他觉得很多地方太巧了，千钧认为新一是多次一举，既然警方都认为是自杀了，他们两个何必给人家找麻烦，其实千钧是担心这件案子会涉及到高层的政治斗争。
回到学校的新一依然闷闷不乐，连小兰和麻美都不能让他开心起来。千钧暗道，这家伙还真是推理狂人啊。文良跑来询问千钧什么时候安排英雄救美的戏码，千钧无可奈何，现在根本就抽不开身啊，于是就随口说稍等几天就会安排了。而这时候夏咲美富通过泽口云灵的关系找上门来，夏咲美富与泽口云灵哥哥曾经是同学，她希望工藤新一能够帮她把父亲的死因查清楚，新一一口就答应了。
千钧知道这件事情非得继续调查下去了，那么首先最值得怀疑的依然是那个加纳雁子。而这时候目暮警官接到报案，发生一起纵火案，现场的一位死者被烧的面自全非，身份无法确定，只能勉强推测是个女子。唯一的线索是一件送水的广告衫。很快佐藤警官和高木警官就追查到了送水的人员门城吾肋，门城吾肋发现不好，立即驾车逃跑，佐藤带着高木飙车猛追，门城却出前面的高速路口出车祸意外身亡了。
这时候千钧和新一却找不到刚刚被假释的加纳雁子，连她的表妹西城陈子也没有再见过她。千钧着急之下只好让黑闪再试着找一找，可黑闪找到那家纵火现场后就再也找不到别的气味了。新一也是头疼，只好打电话到警视厅询问，才知道目暮警官他们刚好正在追查那件纵火案，那么被烧死的人，高木警官立即抢先回答，肯定是加纳雁子。
于是目暮警官马上下令进行颅骨和Dna核对，结果证实了高木警官的推测。目暮警官大惊失色，知道这件案子恐怕非常复杂了。新一和千钧根据高木所说的门城吾肋之死，很快就找到了制造车祸的h道人物龟平晓三，将其抓住后在千钧的人棍恐吓方法逼问下，龟平说出一个重要线索，那位夏咲样平副市长死的时候，加纳雁子带着一个女人一起到了夏咲样平的房间，这下子终于把新一推理上的疑惑解开了，新一一直怀疑那天到过病房的不止一个女人。
这时候，泽口云灵紧急报案，她的好朋友夏咲美富被两个混混用刀捅伤了，幸好当时她和文良路过，就救下了夏咲美富。工藤新一立即就知道这恐怕是背后凶手的肆意报复，请目暮警官赶快加强对夏咲美富的保护。这时候工藤新一根据推理，很快就找到了另一个疑点很大的女人，毒贩二宫的情妇浜崎令子，目暮警官就下令立即追捕浜崎令子，高木警官这次表现神勇抓住了毒贩二宫。
可二宫说他很久没有见过浜崎令子了，而浜崎令子好像凭空消失了，仿佛没有这个人存在一样。千钧觉得那个二宫肯定没说实话，建议警视厅采取些暴力措施，但被目暮警官拒绝了。于是二宫被释放，他跑到了米花汀附近找到了浜崎令子，二人商量着赶快一起远走高飞，可是浜崎令子却突然出手杀死了二宫，她觉得自己一个人更安全。外面听到声音不对的佐藤警官立即冲进去成功擒住了浜崎令子，原来她一直在暗中跟踪二宫，新一和千钧也在外面藏着，这是他们欲擒故纵之计。
浜崎令子在新一的推理证据下不得不承认与加纳雁子一起到过医院，但她坚持说自己一直是在护士办公室休息，进病房里面的是西城陈子，她们表姐妹二人一起双F服侍的夏咲样平。西城陈子却十分生气，她也坚持进病房是浜崎令子和表姐加纳雁子，他们上演的锵锵三人行，是自己在护士办公室把风的。
听得大家全是一脸黑线，新一很快就推理出来这次说谎的是浜崎令子，高木警官却认为西城陈子也很可疑，因为她已经连续做了两次伪供。为了尽快让浜崎令子说出实话，千钧就想到了用中国电影《九品芝麻官》里面那个被断了半截身子的逼供的办法，先假装把浜崎令子交给子虚乌有的特别逼供科，千钧故意让警察们绘声绘色的描述特别逼供科逼供的各种残忍方法，之后扮演半截身子的人自然是一脸不情愿的高木警官，这下子把浜崎令子吓得魂飞魄散，哆哆嗦嗦的一定要见目暮警官，并且马上交待了东京的倭柯集团与夏咲样平的秘书大塚曹男相互勾结做出不少违法的事。
她接着叙述，后来这件事情被夏咲样平察觉，他念在多年的交情上让大塚曹男去自首，于是大塚曹男狗急跳墙，他绞尽脑汁，多方策划，通过威胁利诱的手段买通了女毒贩浜崎令子，逼她借进入病房与夏咲样平欢好时将超量aT品投入夏咲的饮料之内，导致夏咲样平中毒身亡。事后察觉的加纳雁子威胁浜崎令子给她大量钱财，为防止浜崎令子暴露，大塚曹男又找到了急需一大笔钱还高利贷的门城吾肋，让他纵火烧死加纳雁子。
当发现门城吾肋被警察追捕后又急忙出钱让龟平晓三制造车祸将其灭口。至此，所有的案情都真相大白了。目暮警官亲自带队抓捕了倭柯集团的社长屈思尼德，但是高木警官和佐藤警官却没有抓到大塚曹男，大塚曹男得到了消息及时逃跑了，之后佐藤警官找了好几个他的藏身之处都扑空了，甚至连利用黑闪都找不到他，新一说这家伙已经知道他们用狗寻找犯人的办法，肯定采取了措施。
这时候新一开始模仿福尔摩斯，仔细推理每一个大塚曹男的有关细节，顺着线索惊讶的发现大塚曹男随身携带了大量炸药。目暮警官也知道案情开始恶化了，下来封锁各个交通要道，全力追查大塚曹男。而工藤新一充满了斗志和信心，大声喊，“华森，带上你的枪和黑闪。我们去追这家伙，我已经推理出新的线索了。”
于是千钧开车会合佐藤警官和高木警官等紧急出动，并根据新一的推理过程，带着黑闪进行一步步的判断追寻，终于在东京郊外的樱花渠附近找到了大塚曹男。而这时候夏咲美富领着一群孤儿院的孩子在这里踏青，她和泽口云灵这次来做义工的，文良为了追求云灵，自然也跟了过来，还在给孩子们讲解昆虫知识。
大塚曹男没有想到新一和千钧他们这么快就追了上来，他冲过去想要绑架夏咲美富和孩子们，泽口云灵冲上去挡住了他，然而大塚曹男却掏出手枪将云灵擒住，站在渠口的高处叫嚣着如果警察不放他离开，他就引爆所有炸药跟云灵同归于尽，原来他自从知道平成年代的福尔摩斯介入这件案子后就做了最坏的准备。
新一、千钧、佐藤、高木以及其他警官都把枪对准大塚曹男，大家都不敢冒险开枪，生怕引爆炸药。而这时文良偷偷的从后面爬上来，飞身而起将大塚曹男扑倒在地，二人一起向下面滚落，千钧大叫危险，以最快的速度冲过去一把推开了发愣的云灵，俯身伸手拉起抓住一块凸起砖块的文良，一起向身后仰去，随后下面就传来惊天动地的爆炸声。
好在千钧匆忙用土系力量悄悄护住二人的身体，二人才没有受更大的伤。等硝烟散后，千钧和文良一身狼狈的从落下的尘土中爬出来，文良忍不住说，“我K，千钧啊，我只是想英雄救美一次你也不用搞得这么逼真吧。你从哪里找来这么个生猛的哥们，炸药都像是真的，我真的太佩服你了，连警察朋友都请了这么多，你不怕真的闹出事情来啊。对了，下面那哥们没事情吧，这么高掉下去怕是要摔断腿的，哦，我知道了，你是不是下面还有安排啊？”
千钧刚才也是吓出一声冷汗，这混蛋居然以为是自己安排的英雄救美，“下面那哥们只怕粉身碎骨了，你要好好珍惜这次机会啊。”文良听得有些莫名其妙，云灵再也忍不住过来抱住文良大哭起来，云灵终究还是女孩子。文良趁机抱紧云灵，轻轻地亲吻她的额头，还悄悄对千钧作出胜利手势。新一过来说道：“文良这小子胆子可真大啊，果然是问世间情为何物，直教生死相许。”
千钧好笑，如果文良事先知道今天这场偶遇不是他安排的，只怕吓得腿都得软了，至少也不会表现的如此神勇。高木警官他们也都过来，佐藤对文良和云灵的爱情充满憧憬，高木的眼里也都是羡慕。随后，佐藤指挥大家开始安抚那些吓得哭泣的孩子们和夏咲美富，很快鉴识科就证明了大塚曹男的确已经被炸得粉身碎骨了。忙乎完之后高木请大家去警视厅做笔录，一路上，文良搂住云灵坐在千钧车后面，低身安慰着依然在紧张地发抖的云灵，暗地里还在佩服千钧，瞧人家找的警察朋友真给力，做戏都要做全套啊。
尾声，倭柯集团屈思尼德因为违法事件以及涉嫌出资给大塚曹男买通他人行凶被判处百年徒刑，浜崎令子因杀死夏咲样平副市长和毒贩二宫以及贩毒罪、拐卖妇女等罪行被判处终身监禁，谁让她杀死的是日本政府高官。龟平晓三因设计车祸杀死门城吾肋，派遣手下刺伤夏咲美富，判处5年有期徒刑。
西城陈子因两次作出假口供被警告后释放。罪魁祸首的大塚曹男已死就不在追究。文良受到警视厅B级奖励，但却被目暮警官请去受了一天的教育，直到这时文良才明白过来，千钧不是特意安排的这场英雄救美，吓得汗都出来了，让云灵好笑他怎么现在才害怕起来。从这天开始，文良和云灵就正式确立了恋爱关系，文良的目的算是达到了。佐藤警官和高木警官也都受到警视厅正式嘉奖，工藤新一和千水千钧再次证实了他们平成年代的福尔摩斯与华森的光荣称号，这次目暮警官再次给予二人a级奖励。不过这天回去后，千钧的黑色笔记本上就多了高木涉的名字。