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这天晚上大家商量好了轮流休息的次序，尽管几个女孩有点害怕，但还是按照2人一组排好了次序。为了明天更好的办案，千钧低声让柯南先睡下，到晚上10点钟时，有人敲门进来，柯南与刚刚睡下的几个女孩都惊醒了，千钧开门一看，原来是黑岩令子，她担心大家的被褥不够，特意送了被褥来，当她看见几个女孩也都在时大为惊叹，询问她们难道不害怕吗？千钧低声告诉她，她们几个都修习过正规的武道，身手都不错，留在这里轮流值夜，就不用担心犯人再来行凶。黑岩令子笑着表示支持，会合来接她的丈夫村泽周一，向千钧道别后离开。
第二天天亮，毛利侦探被呼叫声吵醒，睁开眼睛发现站在自己面前正是胖胖的目暮警部，他已经率领大批警员赶到月影岛，身边站着一位胖胖的助手。目暮警部大为恼火，现在还在呼呼大睡只有小五郎与那个山本巡查，简直把警视厅的脸面都丢尽了，反而是几个女孩和千钧、成实都没有睡好，一直轮流监视着诅咒的钢琴。千钧一晚上也没有发现成实有什么异常，觉得自己可能多虑了。
目暮警官问清了事情详细经过，大发雷霆，“毛利老弟，你走到哪里人就死到哪里，明知道这次是如此危险的委托，你居然还带着一帮弱质芊芊的少女和不懂事的孩子过来，你难道不怕他们有危险吗？”小五郎也大为无奈，“目暮警部，是他们非要跟着过来不可，我又有什么办法。”目暮对他的回答很是不满，暗道这家伙还把自己的女儿都带到这么危险的岛上，真是够呛。
目暮警官正了正帽子，咳嗽一声，“毛利老弟，你现在有什么线索吗？”毛利耸耸肩，“目暮警部，我现在也只知道些情况，关于凶手的关键线索也还没有找到。”目暮警官摇了摇头，只好让大家一起过去，开始给那天参加法事的人做口供，参加法事的有38人，这个口供做起来可太耽误时间了。浅井成实说自己太困了，就先到休息室补觉，由于毛利推断凶手是个男人，所以对她也没有太在意。
一直忙乎到傍晚，最后没有明确不在场证明的嫌疑人都是与死者有重大关系的人，黑岩令子、黑岩辰造、平田和明、清水正人、村泽周一和西本健，一共六个人。目暮警官和毛利小五郎都对西本健最为怀疑，这家伙一句话都不肯说，只是不停的念诵麻生圭二的名字。等好不容易把大家的口供都录完，只剩下这个西本健，他要求去厕所，目暮警官点头答应了。旁边那个助手低声说：“警部，应该不是他，你看他这个熊样，不大可能是凶手，不过他很可能是知情人。”
目暮警官也有同感，笑着说等一会吓唬他一下，希望能知道些真相。过了大约半个多小时了，大家奇怪这家伙怎么还不回来，不过目暮警官并不着急，附近都被他的手下看死，人是跑不出去的。这时候，各个房间的播音箱中传来悦耳的音乐，音乐中带着淡淡哀伤和婉转低沉，柯南和千钧对视一眼，大叫起来，没错是月光，大家一起赶到播音室，西本健瘫坐在房间门口，歇斯底里的惨叫，“是他，麻生圭二又回来了……”千钧把门完全打开，发现现任村长黑岩辰次倒在血泊中，他满脸都是惊惧和不可置信的神色。
目暮警官、小五郎等人也随后赶到，黑岩令子看到父亲的样子惊叫着就要冲过去，被目暮警官和小五郎拦住了，“令子小姐，请你冷静一下，不要破坏现场。快，马上叫法医过来验尸。”助手甲急忙说：“目暮警官，法医为了详细检验川岛先生的尸体，已经赶回东京去了。”毛利侦探一拳打在墙上，大为愤怒，“可恶，怎么偏偏在这个时候？”浅井成实过来，“警官，如果不介意的话，我可以效劳的。”目暮警官犹豫一下，“也好，反正凶手是个男子。那就麻烦你了，浅井小姐，拜托了。”
柯南和千钧对视一眼，又多了一名死者，杀人事件还在继续，甚至在警方眼皮子底下依然在进行，让千钧比较纳闷的是凶手怎么跑到这里来的，黑岩村长为什么会来到广播室？柯南低声，“可恶，在我们面前还敢肆无忌惮的杀人，必须尽快把他抓出来，可是到底哪里不对劲呢？”
这时候成实已经给出死亡时间，“黑岩村长是在我们进来之前的大约10分钟之内被人杀死的。”柯南在千钧的遮挡下进来，检查了录音带的情况，果然前10分钟是空白的，凶手依然是在杀人之后播放录音带，然后从容离去。这时候千钧猛然发现死者身下有血迹留下的记号，急忙招呼目暮警官和小五郎过来，柯南也凑了过去，“好像是乐谱，奇怪，这是不是月光呢？小兰，麻烦你来看一下。”很快，小兰就确认了这正是月光奏鸣曲的第二章。目暮警官头疼，让鉴识人员将血迹拍下来留存，“又是月光，是不是死者想告诉我们什么？”柯南摇了摇头，拿着笔将乐谱抄录下来，“不可能的，他如果有这个时间和体力还不如大声呼救呢，我看是凶手故意留下来的。”
“砰”柯南的头上挨了小五郎一拳，“可恶，说过多少次了，这是凶案现场，小孩子不要在这里捣乱，你看你差点把血迹破坏了。小兰，你把他给我看好了。”小五郎大为恼火，将柯南扔给小兰抱住。“哎呦，好痛啊，可恶的叔叔。”柯南缩在小兰柔软的怀里抱怨着，千钧走过来接过柯南，将用手机拍下的血迹记号拿给他看，柯南大喜过望，偷偷拿着笔和本子去后面推理。
小五郎与目暮警官二人商量一下，一致认为两起命案的凶手应该是同一人，而凶手应该就是在这些嫌疑人里面，所有的出口的警员报告都没有发现可疑的人员出入。黑岩令子、村泽周一、平田和明、西本健、清水正人、浅井成实还有一些做完口供没有离开的村民，当中必定有人就是凶手。黑岩令子大怒，“八嘎，我会是杀害父亲的凶手吗？还有我可是女子，有那么大的力气拖动川岛先生吗？再说，我根本没有时间，在我爸爸死前10多分钟里到现在我一直在接受你们的询问。”
目暮警官点了点头，“的确，黑岩令子小姐不可能是凶手。”这时候，小雅和直子也站出来替成实作证，“警官，成实小姐在这10分钟的时间内一直和我们在一起，没有分开过，我们几个都可以作证的，她还向我们询问了剑道修行的一些事情。”小五郎不屑，“我早就说过，凶手不可能是女性了，目暮警官，凶手必定是这4名男性中的一个，其他那些无关的村民也不可能是凶手。”
目暮警官随后询问村泽周一、平田和明、清水正人的不在场证明，可是这三人都互相推诿，都抱怨对方不肯为自己作证，费了好大劲，目暮警官才弄明白，这三个人由于彼此都没太注意，也弄不清楚别人当时到底做什么，“哦，真是的，你们三个根本就没有明确不在场证明嘛。”三人气呼呼的都大叫冤枉。
目暮警官过来盯住西本健，“西本先生，你不是上洗手间了吗？怎么去了那么久？你为什么突然跑到播音室？”西本健支支吾吾地说：“对不起警官，我有些闹肚子。不管我的事情，我从厕所出来后是黑岩先生叫我过去的，他说有要紧的事情跟我商量一下。”助手警官甲低声对目暮说：“不错，黑岩先生做笔录时说过与人有约，要出去一会儿。”毛利侦探冷笑看着西本健，眼光仿佛看穿一切，“恐怕是你故意把黑岩先生约到了播音室，趁机将其杀害了吧，然后故意装作发现死者的样子？还有，你说黑岩先生约你，你为什么一定要过去呢？”西本健脸上惊慌失措，却欲言又止。
千钧过来说：“大叔，应该不是他，如果真的是他，他大可以在杀完人后立即离开，录音带空白足有10分钟，完全来得及，他没必要把自己置于危险境地啊。再说，他有时间留下杀人线索的话趁机逃脱不是更合适吗？”目暮警官觉得千钧的分析有些道理，小五郎显然有些嘲讽，“笨蛋，你根本不懂什么叫做欲盖弥彰，这是犯罪心理学的高级知识，你这个没长毛的小子是不会明白的。目暮警官，西本就是这样故意给我们大家造成错觉，以前我们破案时也碰到过这种情况。”
目暮警官苦笑着点了头，的确有这种可能。黑岩令子突然叫起来，“凶手一定清水正人，我爸爸和川岛先生死去的后，就他能得到最大的好处。快把他抓起来……”清水正人大为恼怒，脸上抽搐，“你这个疯婆娘不要诬陷人啊……”大家也都在思索，的确就动机而言好像清水先生有最大的嫌疑。
柯南拿着本子还在推理，他突然想起什么，急忙询问昨天川岛先生被杀的那份乐谱呢？千钧去问鉴识人员，鉴识人员却说没有见到，小五郎过来询问大为吃惊，那么重要的证物怎么会不见呢？小兰、静杨、直子、小雅、晓月、千寻、成实都说没有看到，目暮警官这次知道还有一份乐谱，“八嘎，毛利老弟，我不是让你保护好现场吗？东西是不是不小心被凶手偷走了？”小五郎急得满头大汗，不停地道歉解释，这时候那个山本巡查晃悠悠走过来，“你们是在找这个东西吗？我昨天顺手把他收起来了，不好意思啊。”
小五郎恼怒地接过一看果然是那份乐谱，火冒三丈，“你这个笨蛋，不但走不快，昨天还随便移动尸体，竟然不经过我同意私自拿走证物，你这个警察是怎么当的？”山本巡查脸上一阵青一阵白，张了张嘴终于没有说出话来，的确有些失职，他这个警察不是正规渠道警校出来的，是这个岛上的人当年凑合着选出来的，因为月影岛上平时根本没什么案件，警察几乎就是摆设。目暮警官过来拍了拍山本巡查，安慰几句，走过去与毛利简单解释了一下。
这时千钧已经将乐谱交给柯南，柯南飞速在本上记录，又询问小兰她们几个女生音乐上的一些问题，他突然笑起来，暗号破解了，这个暗号如果知道窍门的话，就很简单了，从钢琴键盘的左边开始，按照顺序，将英文字母依次放入，在将想传达的讯息以拼音方式用音符写在乐谱上面，“明白吗？下一个就是你。”
目暮警官和毛利等人都过来询问，柯南简单的解释了复杂暗号的破解方法，那么刚才血迹留言就是，“这个罪孽的怨恨，在这里消除。”清水正人皱眉说：“罪孽的怨恨，是不是麻生圭二当年之死的火灾？”西本健浑身颤抖，大喊大叫，“是他，麻生圭二还没死，他还活着，他回来报仇了！”山本巡查却叹了口气，“不，我可以确认，麻生先生的确在十二年前已经死了，绝不会有错。”
大家都已惊讶眼光看他，山本巡查继续淡淡地回忆，“他们全家的尸体全都认真检验过，当时的鉴识人员根据齿形等确认了死者就是麻生先生和他的妻女，那场大火烧得极大，连天空都是布满火云，所有的东西都化为灰烬，只留下麻生先生的一份乐谱。”目暮警官急忙问：“那份乐谱呢？现在在哪里？你不会丢掉了吧？”
山本巡查一愣，“没有，警部，我把它放在仓库箱子里面，钥匙在我的警所。”小五郎急忙说：“赶快过去把它拿来，说不定可以找到当年的真相，你们几个女孩子比较细致，跟山本巡查一起去找。”小兰等女答应一声，驾着山本巡查匆匆离去。
大家在这段时间都暂时放松一下，刚才的气氛实在太紧张了，只留下鉴识人员依然在播音室拍照留存。柯南和千钧在低声商量，柯南已经隐约把握住了一些真实情况，可总觉得有些不对劲的地方，千钧依然是一头雾水，不过他认为根据最后的留言杀人事件应该结束，柯南皱眉说月光还有最后的高潮第三章，想来想去觉得不放心，二人就一起去放置钢琴的公民馆，
千钧突然听到奇怪声音，抱起柯南飞奔过去，一脚将门踹开，一个黑影破窗而逃，却看到村泽周一与平田和明一起晕倒在地，二人大惊失色。柯南奇怪千钧为什么没有追出去，千钧急忙说：“不对，柯南，我隐约听到隔壁房间有声音。”柯南一愣，千钧过去一脚将门踹开，发现西本健吊在这个房间上方，听到的依然是月光奏鸣曲。千钧急忙将西本放下来，柯南检查过西本的状况摇了摇头，来不及了。
千钧叹了口气，用手机紧急通知目暮警官，“不好了，警部，西本健死在公民馆的房间，村泽周一与平田和明被人击伤晕倒在放置钢琴的音乐室。”目暮警官大惊失色，“什么？怎么会这样，好，保护好现场我们马上过去。”大家一起匆忙赶到活动中心的音乐室，经过初步抢救，村泽周一伤势较重需要紧急治疗，黑岩令子流着泪陪着丈夫过去，平田和明经过随后赶来的成实医生的急救，因为伤势较轻，醒了过来，可是他却说不知道是什么人突然从背后袭击了自己，他是跟在村泽周一后面来到音乐室的，刚进房间就被人击倒了。
在吊死的西本健脚下，找到了一沓乐谱，旁边的收音机还在播放着月光奏鸣曲，那正是第三章。柯南看了乐谱的暗语，“似乎是自杀的遗言，他因杀死了川岛和黑岩，畏罪自杀了。”小五郎他们经过分析后，也认为这是最合情理的解释了，可是打晕村泽周一与平田和明的人又是谁呢？
千钧觉得事情有些不对头，柯南根本不相信西本是自杀而亡，他从西本的口袋里面翻出一张细小的纸条，看过后更是认定他杀。“叔叔，目暮警官，事情还是不对，西本那么胆小他会因为精神压力太大自杀吗？村子里面的人说这家伙非常怕死的。还有，你看他脚下什么东西都没有，他怎么吊上去的，难道会超级跳？这个遗言就更奇怪，写个遗言有必要用暗号吗？直接写在纸上不是更好吗？还有他为什么死前还要播放月光奏鸣曲，快要死的人还有这样的闲情逸致？”
目暮警官觉得柯南这孩子说的非常有道理，“可是如果他不是自杀谁是凶手？谁会对他的情况如此了解？既然做出是自杀的假象，为什么还留下如此严重的破绽？”小五郎急切说：“警部，我猜想刚才跳窗而走的人才是真正的凶手，他杀死西本健之后还未得及布置好自杀现场，村泽周一与平田和明先后赶到，他不得不将他们打晕，可随后千钧这家伙冲了进去，他只好跳窗逃跑了。”