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新年的钟声再次敲响，时间进入1997年。迈向新一年的旅程，困难的案件仍然与日俱增。明明已经过了一年，可所有人都忽视了这个问题，仿佛又回到了起点。每个人的年龄都没有增长，大家依然保持着各自的容貌。柯南依然是帝丹小学1年级的7岁小学生，千钧依然停留在高中二年级。在大家的印象中，这一年依然在继续，唯一改变的只有日历。千钧回到横野家，跟父母、小妹、祖父、藤野爷爷一起过完这个热闹的元旦。同样，其他人也都回到自己家与家人团聚，在这个疯狂的世界里每个人都非常珍惜亲情。
元旦过去不久，大家都还在寒假的假期中，千钧陪着晓月参观了她的冷月动漫社，对妹妹取得的成就千钧大为叹服。柯南依然不情愿地呆在毛利家，继续扮演小学生的角色，对着电视屏幕玩格斗游戏。小兰拍着桌子大吼，“喂，柯南！我说的话你到底有没有听到？”柯南回过头来，小兰恼怒，“我在问你父母的事情啊……”柯南哦了一声，满不在乎地回头继续玩。小兰跑到他身边，“哦什么哦！他们自从到海外出差，就一直把你一个人留在这里，实在太不像话了！你想想看，你寄放在我们家多久了，都有12个月，你父母一点音讯都没有，你真的是太可怜了！”柯南摇头，小兰摸着柯南的头，“你是不是会感到很寂寞？”柯南笑着说，“一点也不！”
小兰还在抱怨柯南的父母太过分了，连过元旦都不来接柯南回去团聚。小五郎深有同感，“你那是什么父母啊！从来不露面，连个联络都没有，甚至没见到一封信，至少要跟我打声招呼吧……”柯南暗暗叫苦，自己变成这个样子，实在太不可思议了，连自己的父母都没告诉。小五郎站起来，“这个小鬼不是阿笠博士寄放在这里的吗？那就去问问博士，看怎样跟他父母联络吧。”柯南大惊，急忙跳起来阻止，小五郎有些诧异，“怎样？跟你父母联络不行吗？”柯南头上冒汗，支支吾吾说不出话来。千钧告诉过他，帮他建造档案时，填写的父母都是千钧跟博士合伙伪造的，根本不存在，一问之下立马就要穿帮。如果不敢快想办法，工藤新一的身份就要立马曝光了。
这时，门铃响了，小兰将门打开，进来一位戴眼镜的胖大婶。小兰很是高兴，“柯南，有人来接你了。你看看门口的是谁？”柯南有些疑惑，这个欧巴桑不认识啊。小兰笑道，“你妈妈终于来接你了！”柯南大惊，“我妈妈？”胖大婶走过来，“小南，真是对不起啊，让你一个人留在这里，你一定很寂寞吧……哦，我可怜的孩子……”说完蹲下身紧紧抱住柯南，“不要担心，妈妈来接你回家！”柯南惊骇莫名，“你是谁啊？我不认识你！”小兰有些疑惑，胖大婶急忙道，“哎呀，你这孩子又在胡闹了！还在怪妈妈不早点来接你吗？都怪我留下他一个人寂寞太久了……”胖大婶拿出名片给毛利父女看，江户川文代，正是柯南的母亲，这个名字确实是千钧和博士在档案上伪造的。
小五郎点头，他的确见过柯南的身份证明文件，当然是千钧拿给他的。柯南大惊失色，“才不是呢！”柯南脑子急速转动，江户川柯南的名字是临时编的，他的母亲当然也是虚拟出来的，根本不存在，而且自己从来没有见过这个女人，千钧和博士那边如果有安排，肯定会事先打好招呼的。那么，这个女人为何要自称是柯南的母亲，这个人究竟是谁？
文代将柯南带了出来，门口停着一辆汽车。文代向毛利父女致谢，“多谢你们这段日子一直细心照顾柯南，我改日一定带厚礼登门致谢！”小五郎大喜，“好啊，我随时在家等候你的谢礼……”小兰有些伤感，“柯南，你到了那边记得给我写信啊！”将柯南送上车，小兰再次叮嘱柯南跟她常联系，“再见了，柯南！”大叔挥手大喊谢礼千万别忘了。
车子行驶在路上，柯南忍不住问道，“大婶，你究竟是谁啊？”文代大笑，“我不是说过吗？我就是你的母亲啊！”柯南恼怒，“才不是，我妈妈是……”文代冷笑，“工藤有希子！”然后说出了工藤有希子的生平。日本首屈一指的红影星工藤有希子，19岁时以出色的演技和美貌风魔了全世界，在20岁结婚嫁给了著名的推理小说家工藤优作，并退出了演艺圈，随后生下一子。目前将儿子留在日本，自己和丈夫在国外过着只羡鸳鸯不羡仙的生活。“我说的没错吧，你就是那个留在日本的独子，平成年代的福尔摩斯，工藤新一！”
柯南大骇，立即推断这个人可能是黑衣男子的同党，弄不好就是那个组织的成员。柯南情急之下想要跳车逃走，一把枪顶在柯南的额头，“小鬼，别想逃走！子弹是不长眼睛的，你如果乖乖听话，我会带你去个好地方！”柯南暗暗叫苦，想要找机会用徽章呼唤千钧，文代伸手从他怀里拽出了徽章，“你还想要找帮手啊，你还是死了这条心吧！等解决掉你的问题，我们的人会大举出动，去找你那个可怕的助手，也是你最后的王牌！平成年代的华森医生，千水千钧！”
柯南脸色大变，他们已经掌握了自己所有的情报，如果不赶快想办法的话，大家都会有危险。当车行到十字路口时，柯南突然用力拽了一下文代，文代的方向盘被带歪，车子斜着漂移出去，文代急忙踩刹车，在路口中央堪堪将车停住，差点就车毁人亡，引起周边行人的叫骂声，“呜哇！”“天啊！”“wBD！”趁着这个混乱的机会，柯南推开车门逃了出去。四周的司机诅咒文代，“死猪婆，你会不会开车啊！”“死肥猪，快滚开！”……文代的脸都变绿了，“臭小子，你想害死我啊！快帮我把他抓回来……”柯南穿越车流，一会儿就消失不见了。
柯南逃到了平安的角落里，大口喘气，“为什么，为什么那些人知道了我的真实身份？难道是上次卡拉ok厅事件？一定是这样，否则他们怎么知道我还活着。可恶，我和千钧反复叮嘱过目暮警官不要说出我的名字，一定是这家伙在外面吹牛的时候顺口说漏嘴了！”目暮警官打了个喷嚏，有些纳闷谁又在背后骂我？柯南还在自责，“我真是个大傻瓜，自作聪明，千钧说的对，知道的人一多秘密就保不住了，可恶！”冷静下来后，柯南开始思索对策，“现在怎么办呢？要回去告诉小兰真相吗？不行啊，现在回去肯定会连累到毛利叔叔和小兰的，而且他们一定在那附近等着我自投罗网呢！千钧那里也不行，我们两个的关系所有人都知道。可恶，现在所有底牌都被对方知道了，该怎么办？”
另一边，文代跟同伙手机联络，“什么？让他逃跑了？”“对不起，是我一时大意。不过，已经证明了那小子就是工藤新一。”帽子同伙冷笑，“果然不错，他的身体真的变小了。快去把他抓回来，万一惊动警察就麻烦了。”文代有些无奈，“可是他会去哪里呢？”帽子同伙自信道，“不用担心，他现在只剩下一个地方可以去了。”
柯南冒着大雪来到阿笠博士家附近，“必须先跟阿笠博士商量一下才行，可恶，身上没带钱，想打电话通知千钧都不行。以目前的情况看，博士可能还没有暴露。”等了老半天，柯南冻得发抖，不过他也确认了周边没有其他可疑的人，“真是的，这种天气，博士到底去哪里呢？”这时，阿笠博士打着伞从对面走过来，柯南大喜过望准备过去。然而乐极生悲，突然文代从背后出现，用麻醉药物捂住柯南的嘴，柯南挣扎了一会儿就晕过去了。文代嘲笑着柯南，拖死狗一般将柯南带走了。
今天下着大雪，千钧很想跟几个女孩温馨地在家里呆一天，难得由美也开车过来，本来一切都很美好，四女脱下厚厚的冬装在温暖入春的房间里打起桥牌，千钧在旁边用魔手捣乱，弄得四个女子J喘连连，千钧自然是其乐融融。静杨忍无可忍，这样下去牌就玩不成了，于是四女一致决定将千钧赶到外屋与黑闪作伴。千钧有些郁闷，逗弄了一会儿黑闪，觉得有些无聊，决定去柯南那里看看他在忙乎什么，说不定毛利大叔又有什么新案子。然而，当小兰告诉千钧，柯南被母亲文代接走后，千钧的脸色变得非常古怪，怎么可能呢。
千钧暗道不好，起身告辞，匆匆离开毛利家，小兰纳闷千钧今天到底怎么回事，刚来就走。千钧走到无人处，急忙打手机给阿笠博士，无人接听。千钧感到事态严重了，现在所有人都处在危险状态，不过，小兰他们现在都没有事情，证明对方还没有采取行动。当务之急是尽快将柯南找回来，切断敌人的线索。千钧试着用腕表呼救柯南，依然没有反应。千钧匆忙开车回到千钧宅，让四女马上离开家里，暂时到由美的住处避一避。几个女孩都莫名其妙，质问他搞什么鬼。千钧只好吓唬她们，“最近房里有些闹鬼，我请了阴阳师来做几天法事，那个女人在，不方便的，这几天你们先到由美那里挤一挤好吗？”静杨、小雅、直子根本不信，刚才还好好的，也没见家里闹鬼，一起怀疑千钧有不可告人的秘密。虽然感觉到千钧在胡扯，不过看他非常紧张认真的样子，宫本由美就笑着圆场，“好啊，反正你们几个很少到我那里去，一起过去玩吧，我那里有好几间空房，美和子最近也在家，人多热闹些。”
于是，三女抱怨着坐上由美的车前往星花小区，嚷嚷着回头再跟千钧算账。见她们安全离开，千钧松了口气，那里距离警视厅很近，秘密调查局对外的办事点也在距离不远处，相信不管是哪个组织都不敢随意在太岁头上动土。千钧带着黑闪，开始艰难的追踪，万幸的是，黑闪对柯南非常熟悉，追踪起来就容易了很多。
柯南醒来后，发现自己被绑住了，被囚禁在一处二楼的厨房里面。柯南很快把周围摸清了，外面传来声音，“什么？你还没有杀了他？”“你不要逼我，上面明明说不能杀他的！”柯南慢慢移动到墙壁附近，还好那里有个小洞，柯南好奇向外观看。胖女人文代跟一个穿黑斗篷戴高帽子的人对话，文代大声道，“不管怎样，他是吃了那种药造成副作用的特例，应该将他带回组织调查。”斗篷男抱怨，“真麻烦，那我们还得设法把他活着带回组织了。”柯南担心起自己的安危，更好奇这个男人是谁。随后，斗篷男回头，柯南大惊，男子戴着暗夜男爵的面具，脸色不善地望向这里。
暗夜男走过来，柯南急忙躺在地上装晕，暗夜男点头，认为自己多疑了。文代道，“这小子还没睡醒，体力还没恢复吧。”暗夜男道，“他真的是工藤新一吗？怎么看也不像啊！”“是啊，我也无法完全相信。可是在工藤新一失踪那天，这个小鬼就出现在毛利侦探事务所，而自从他出现后事务所的委托案件就莫名其妙地提高了，而且从他今天逃跑的敏捷身手来看，应该就是工藤新一没错。一定是喝了组织新发明的毒药身体变小了……”暗夜男皱眉，“你是说当时组织为了灭口而强制给他吃的毒药吗？但是那不是杀人用的毒药吗？我还是不太相信这种药有这种效果。”
文代说是组织要调查毒药的副作用，暗夜男拿出了一盒药，声称是组织给自己的毒药，说要在第二天交易时对交易对象试验药物的效果。文代有些担心，万一试验对象也没死变小怎么办，暗夜男冷笑，“那就更简单了，当场杀了他就是，然后回来解决这个小鬼！”文代急忙道组织一再强调如果毒药发生副作用，务必要带个活的回去做实验，暗夜男大怒，“知道组织秘密的人怎么能让他活着呢！反正都是要解剖，生死都一样。组织如果追究下来，就说为了防止他逃跑，不得已才开枪射杀了。”文代还要反对，暗夜男生气，将枪口对准文代，“少废话，这就是我的做法，你再啰嗦我就先一枪杀了你！”
随后二人商量明天与交易对象用老方法进行联络，时间是下午1点。好不容易坚持到了晚上，柯南发现那2人都睡着了，感觉那个暗夜男太可怕了，柯南决定先弄断绳子逃出去再说。柯南找到酒瓶，打算用它来割开绳子，结果不小心让瓶子掉到地上，惊醒了文代，起来查看，没发现什么又睡了过去。柯南暗道好险，马上用玻璃碎片割断绳子。然而这里是2楼，如果跳下去肯定被发觉，柯南决定先在冰箱里避一避。这时，柯南发现打破的酒顺着地板往下渗透。
第二天早上，文代发现柯南不见了，急忙告知暗夜男。文代推断柯南打开窗户跳到雪堆里逃走了，打算马上出去追击。暗夜男冷笑，“不，他还在屋内。他是故意让我们以为他已经逃掉，打算趁我们找他时逃走。”然后大喊，“小鬼，快点滚出来，这次一定送你上西天！”柯南暗暗叫苦，吓得够呛。暗夜男也发现了冰箱，将其打开，枪口对准里面，“去死吧！”结果发现里面是空的，文代嘲笑，“我早说他逃掉了，你偏要自作聪明！”暗夜男还是觉得柯南就在附近，这时外面突然传来一阵狗叫声。暗夜男皱眉，“大清早哪里来的狗叫，我们出去看看。”文代抱怨他过于小心了。
二人来到外面，没有发现什么，只有些早上行人的凌乱脚印。文代笑着说肯定有人早上出来在附近遛狗，暗夜男点头，“反正那个柯南也没地方可去，等搞定今天的交易，在去找他算账。”二人随后离开，柯南从地下储物室爬出来，“刚才真是吓死了，差点就被发现了。”柯南想起博士提到过，找到毒药才有办法配置解药，开始四处寻找起来。突然，冲进来一个怪人，竟然仿佛漫画里面的鲁邦三世，他的枪口对准里面，柯南大惊失色，以为对方去而复返。那人看到是柯南后，摘下面具，柯南一屁股坐在地上，全身都是冷汗，“拜托，千钧，你干嘛戴个面具呢？”千钧好笑，“为了避免暴露身份啊，看到你没事我就放心了。这个面具很逼真吧，是我特意找人在z国定制的。”
柯南问起原委，原来千钧带着黑闪整整找了一天一夜，在今天天亮时找到这里。不久前听到的狗叫声，就是黑闪发出的。为了不彻底暴露，千钧让黑闪自己回家去，又将汽车停到远处，戴上鲁邦面具才赶过来救人。柯南叹气，“那2个人找不到我，也没发现你，就先走了。”听完柯南的描述，千钧皱眉道，“看样子，黑暗组织目前只是怀疑你的身份，还没有完全确定你变小的事情。现在只有2个办法解决问题，一个是尽快找到毒药并配置出解药将你变回去，一个是立即追上那2人将他们解决掉。”
柯南点头，知道千钧说的不错，事情已经迫在眉睫了。然而二人找遍了整个房间，也没有找到毒药。柯南却从废纸篓剪破的报纸上发现线索，原来这就是他们说的老方法，情报人员经常采用的秘密联络方式。经过拼凑和推理知道了交易地点是米花大饭店，可是还不知道是哪个房间。柯南发现墙上挂着月历，是2年前的，上面积满灰尘。月历有磨损和撕过的痕迹，甚至还有刀子的割痕。柯南立即明白了，他们是在月历上割下某个数字后再将开洞的月历撕下来，现在最上面的是9月，那么被撕掉的是8月，盖在9月27日上的数字就是8月30日，那么交易的地点应该是在30号或者有关的地点。这时，千钧找到了柯南的侦探徽章，应该是那个文代随手扔在角落里的。
二人打车赶到米花大饭店，柯南也戴了顶帽子伪装一下。千钧的样貌太显眼，柯南让千钧躲在饭店外面接应，自己进去打探消息。千钧点头，叮嘱他发现不对马上呼救，如果超过20分钟没有联络，千钧就装扮成鲁邦三世的样子进去强行攻击救人。柯南很快就从前台女那里知道，这个米花大饭店只有19楼，没有30楼。柯南看到有个男子取储物柜的号码牌，柯南以为30号是储物柜号码，就谎称老爸的东西放在30号储物柜了，但号码牌子丢了。前台女有些疑惑，“奇怪了，我们的储物柜最大的号码只到了26号，没有30号啊。”柯南只好说自己记错了，匆匆离开。
忙乎了很长时间，到12点多也没找到线索，柯南只好到外面跟留在停车场的千钧会和。二人见面后，都有些焦急，千钧建议干脆守株待兔，在饭店门口死等那2人，他们肯定会从那里出来。柯南摇头，他担心这样交易的人肯定会没命。这时一对停车的情侣吵闹着回车上找钱包，女子问车停在哪里？男子回答在42号车位。柯南恍然大悟，30号可能指的停车位。二人立即行动起来，柯南很快找到了30号车位的车，可是车上没有人。一个男子走过来，见柯南在车上爬来爬去，喊了一声。车主夫妇回来看见，车主男大吼，“喂，小子，你在干什么？鬼鬼祟祟的……”车主的孩子指责柯南一定是小偷，柯南大惊急忙否认，千钧急忙上前说这个弟弟只是好奇调皮而已，觉得这辆汽车很有型，就想看清楚。车主女觉得不过是个孩子捣蛋而已，就没有追究，随后这一家三口商量了一下，说要带孩子去动物园，就开车离去。
柯南彻底无语了，觉得自己的推理又错了。这时千钧发现走过来一位身材高大戴着面罩的男子，足有2米高，这在日本是非常显眼的。高大男子在30号车位前仔细看了一下，提着箱子离开了。千钧和柯南过去观看，在30的右边有个粉笔写的小1字。柯南立即明白了，他们这是约好在301房间交易，这个高大男子就是交易对象。柯南决定尾随追去调查，千钧扮成鲁邦偷偷潜入2楼待命，一旦柯南确定发现暗夜男和文代，千钧就冲上来支援。