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千钧在家里陪妹妹晓月在花园散步，晓月的病也刚刚痊愈。晓月听千钧提起服部平次的事情，“那家伙真的跟土著一样吗？”千钧好笑，“没那么夸张了。不过，比文良的色彩浓重一些而已。”晓月沉思，“原来这样，下次我倒要见见这个土著侦探。其实，我听千寻那死丫头提到过这个人。”“千寻真的认识服部吗？”“应该不是吧，千寻说过这个服部平次在关西真的很出名，尤其是在年轻人里面有很多崇拜者。”千钧苦笑，“真是个疯狂的世界，怎么所有人都对推理这么感兴趣啊！”晓月娇小，“笨蛋哥哥，你推理能力这么差，是不是很有挫折感？你的优点只剩下能打这一条了。”千钧佯怒，“有你这么说老哥的吗？你就不能给我留点面子啊，虽然你说的是实话。”
兄妹两个正在笑闹之际，柯南的呼叫到了。千钧只好跟晓月告别，开车赶去步行街，见到了露出不怀好意笑容的侦探团四人组。上车后，千钧恼怒，“喂喂，你们去图书馆乘环形列车或者地铁、公交都可以啊，真是的，还特意把我叫来。”元太大喝，“千钧哥哥，你身为侦探团的监护人，是不是应该尽点义务呢？好像好久没请我们吃饭了，我要吃……”光彦急忙打断，“这次不能再去吃鳗鱼饭和中国餐，去吃法国大餐吧！”步美也说好，柯南还在发呆。千钧无语了，原来自己这个监护人的作用就是请他们吃饭啊。
几个孩子聊起最近的动漫，提到冷月动漫社的圣闘士，已经播出到暗黑卷结束了，白鸟战士与凤凰战士在熔岩地狱的最后一战竟然是两败俱伤的结果，另外的神秘战士出现，凤凰战士幡然悔悟，战死在死亡岛。谈起里面经典的战术和弥漫的情感，大家都不胜唏嘘。千钧苦笑，自己提供的原始版本的剧情好像不是这样的，肯定被晓月全部修改掉了。
到了米花图书馆时，千钧才想起来，“文乃怎么没来？”光彦解释，文乃是a班的，留的作业跟他们B班的不一样。其实，本来她也打算过来的，可是家里有些事情，就没有成行。千钧跟侦探团告别，答应晚上过来接大家去旗本祥二的法国餐厅吃顿大餐，就开车离开赶往藤笠公司。藤野先生告诉千钧，公司最近有部分人员离职，又来了些新人，作为社长应该跟大家见见面。
米花图书馆，侦探团4人来到三楼的儿童书区，柯南牢骚满腹，“真是的，没一本能看的书，怎么都是儿童读物啊？这种书能写出什么心得！而且还放得乱七八糟，真是受不了！唉，没办法，这里毕竟是儿童书区！”柯南在儿童书架里面发现一些英文书，背面朝外，都包着塑料袋。馆长津川秀治走过来，“小朋友，这可不是你该看的书啊！”柯南急忙说对不起，将书放了回去。这位津川秀治馆长，是个中老年男子，看上去像个黑猩猩，再有几年就该退休了。
元太发现图书馆外有警车开过来，好像发生什么事情了。侦探团兴奋起来，警察已经进入了图书馆，不知道是什么事件。图书馆的女事务员也向津川馆长报告，警方已经把米花图书馆封锁了。柯南急忙跑出去，想去看看到底什么事情，其他3人立即追上来。津川馆长抱着一箱东西进入电梯，柯南急忙让等一下，也冲了进去。元太、步美、光彦也随后挤进来。
大家发现电梯超载了，元太看到电梯标明载客量是7人。元太疑惑数了一下，“奇怪了，不是刚好7个人吗？”步美好笑，“笨蛋元太，你忘了数自己了！”光彦嘲笑，“我早就说过让元太减肥的。这么笨，肯定不会生病的……”元太大怒，再次扁了光彦，光彦捂着头大呼好痛。没办法的情况下，4个孩子出了电梯，顺着楼梯下去。
一楼，目暮警官、高木警官带着一堆警察封锁了所有出入口。津川馆长上前询问，目暮警官问明白津川的身份后，说明了来意。警察今天来这里，是想查问图书馆的馆员玉田和男的事情。津川馆长说玉田从昨天开始就没有上班，也没有请假，一点也不像他平时的作风。柯南也上前询问，“目暮警官，出什么事情了？”津川馆长也焦急询问，目暮警官将事情娓娓道来。
玉田和男失踪了，他的太太到警局报案，玉田从前天晚上就没有回到家，而前天晚上玉田跟津川馆长一起留下来加班。津川馆长见目暮警官怀疑自己，急忙辩解那天自己先回去了，后来的事情就不知道了。柯南觉得奇怪，“目暮警官，你们为什么跑来搜查图书馆，说不定他是在晚上回家路上被人掳走的。”目暮警官说是主要是为了慎重起见，玉田和男是个循规蹈矩的妻管严，在每天晚上回家的时候都会先给老婆打个电话再回去，但是前天晚上，玉田太太没有接到丈夫的电话。
目暮警官因此判断，玉田和男可能在加班时被人带走，或者根本就留在馆内，有八成的可能已经遇害。高木警官过来报告，所有地方都详细查过了，没有找到玉田。由于玉田个子高大非常醒目，目暮警官判断既然到处都找不到的话，应该是被人掳走了，就收队回去了。侦探团打算晚上进行一次冒险行动，柯南就通知千钧在外面接应就行，晚餐聚会推后进行。
侦探团躲在隐蔽的厕所里，等夜深人静图书馆关门的时候才出来。柯南抱怨，“真是的，叫你们回去都不肯走。”步美询问柯南现在怎么办，柯南说找尸体啊，暗道你们要走了，我就可以和千钧彻底把图书馆翻一遍了。光彦疑惑高木警官都说什么也没发现了。柯南摇头，他总觉得图书馆有古怪味。元太发现有人搭乘电梯上来了，大家急忙躲起来。
乘电梯上来的是津川馆长，柯南奇怪这么晚他黑灯瞎火的上来干什么。津川馆长打开进口书的柜子，从里面将塑料袋包好的书取出来，发出桀桀的恐怖笑声。津川忍不住得意地自言自语，“玉田那个大傻瓜，要是他没发现这里面的东西，就不会死了。那些警察也不过如此，随便找找就回去了。谁也想不到，玉田就长眠在图书馆里，嘿嘿……”柯南看着津川对月长啸，十分气恼，几个孩子也都吓得够呛，现在可以肯定尸体就在图书馆中，可是到底藏在哪里才能瞒过警方呢？
柯南可以肯定，杀害玉田和男的凶手就是津川秀治。这时，津川从一个纸箱里面取出书来，拿掉外壳，然后放进公事包，而那些书正式柯南白天见到那些包着塑料袋的英文书。柯南疑惑到底是什么书呢，元太因为看不清使劲推了一下，步美恼怒让他别乱推。结果被津川馆长发现了声音，大声喝问谁在哪里？侦探团暗暗叫苦，柯南带着大家趁着黑暗迅速换了个地方。
津川开始四处寻找起来，柯南只好带着大家跟津川捉迷藏。大家换了厕所隔间，让听到步美声音的津川馆长扑了空。可是津川随后也来到这个隔间查看，四人只好躲在门后，津川见里面没人，以为自己多心了，就离开了。柯南觉得为了安全，先在这里躲避一下好了。元太抱怨，还要躲多久啊，自己的肚子都要饿扁了。
等了老半天，津川馆长终于离开走了。柯南带着大家出来，马上翻查了装有外国书的箱子。柯南发现那些书都只剩下外壳了，里面的书应该被津川放到公事包带走了。但是，那么多书，他不可能一次性全部带走，其他的书一定就藏在图书馆内。柯南觉得找到尸体前要先把那些书找到。柯南想把千钧叫上来帮忙寻找，步美急忙阻止了，元太露出笑容，“接下来还是让我们少年侦探团大显身手吧！”柯南一脸黑线，只好让大家分成2组沿着书架找寻那些进口书。
元太与步美在探险时觉得光线太暗了，就打开了灯，这是迄今为止最糟糕的一次失误。柯南大惊失色，急忙将灯关闭，“万一被馆长发现怎么办？”元太认为馆长一定回家睡觉去了。柯南爬在窗户上看见馆长真的离开了，松了口气。柯南叮嘱大家千万别开灯，被人发现进来调查就麻烦了。而发现异常的馆长却去而复返。
柯南和光彦一组，将这一面的书都搬下来寻找，可是结果让人非常失望。两个人都很累了，光彦发现对面的书一本也没动，柯南恼怒，“一定是元太和步美在偷懒！”柯南过去责问，元太和步美也累得坐在地上，“柯南，我们没有摸鱼啊，我们这边也都搬出来了！”柯南疑惑，两边的书都搬掉了，中间怎么还有一层书呢？
中间这些书就是那些要寻找的英文原版书，都没有书脊。柯南终于弄明白了，原来这里的书架上放了3排书，所以没有人发现中间的书有问题。侦探团奇怪津川馆长藏这些英文书干什么，柯南猜测里面八成放了手枪之类的武器。然而结果更令人震惊，里面所藏的尽是毒品。大家立即判断出，津川馆长在走私毒品。津川利用藏书的方式，将毒品一点点地拿出去销售，玉田先生就是发现了这些毒品而被津川馆长撞见灭口。
柯南建议先打电话报警，然后通知千钧上来保护好现场。然而一楼的电话都打不通了，柯南无奈，决定将千钧喊上来。侦探团集体反对，“反正迟早要报案，不如我们去把尸体找出来！”“是啊，这样我们的功劳就加倍了。”柯南急忙劝阻，发现几个家伙根本无视了。步美猜测尸体也藏在两列书之间，元太也是这个看法。光彦直接否决，那样很容易被发现，他认为应该是分尸后分块储存起来。柯南快要疯了，“笨蛋，那样的话肯定会流血，岂不是更容易被人发现！”
元太大怒，“那你说尸体在哪里？”柯南也不知道，“真拿你们没办法，图书馆一共有4层，一层层地找吧！先说好，如果1个小时后找不到，就通知千钧上来。”大家一起行动，第一层没找到，向楼上走，步美的鞋子掉了，只好留下来穿鞋，“真讨厌，走那么快，都不等我。”一个黑影拿着绳子悄悄接近，柯南回过头来招呼步美快点，“喂，步美你在干什么啊？谁让你穿那么麻烦的鞋子！”步美生气了，“你好坏，我就喜欢这样的鞋子。”
侦探团将所有的书都搬空了，也没在书架上找到尸体。柯南认为这个推理是错误的，光彦也觉得奇怪，可别的地方警察应该都找过了。步美发现一些带有把手的活动式书架，光彦上去演示了怎样摇动把手将书架移开，几个孩子依次上去将几个活动书架打开。而元太发现靠着墙的最后一个书架怎么也转不动，大家都过去帮忙，用力向外拉。好不容易打开后，大家都发现里面什么也没有，之所以移动困难的原因是爬在上面摇动把手的元太太重了。
光彦取笑元太应该减肥了，元太有些不好意思。步美笑问，“元太，你太胖了，到底体重多少啊？”元太摸着头，回答是40公斤，刚好是光彦的2倍。柯南暗道，“没工夫理你们了，忍耐忍耐，今天是最后一天了，等喝了那瓶酒就变成高中生了！”这时，步美提到自己才15公斤，再次提醒元太减肥，元太抱怨步美真啰嗦。柯南想起自己是18公斤，而今天白天电梯居然还超载的问题。
柯南立即明白过来，急忙向电梯处跑去，元太有些奇怪，带着大家跟在后面。柯南大叫，“我知道尸体在哪里了！”柯南跑到电梯机房将电梯改为手动式，然后将外门打开，大家一起向下看。柯南说出电梯超载有问题，光彦疑惑当时电梯里加上元太自己确实是8个人超载了啊。柯南苦笑解释，他们4个孩子加起来大约100公斤，相当于一个半大人的体重，加上馆长手中的箱子，也不过刚刚2个成年人体重，可当时除了他们以外电梯里只有4个成年人，电梯在相差一个人体重的情况下还是超载了。超载的这个人就挂在电梯的天花板上，大家果然发现了尸体。
孩子们发出惊恐叫声，神秘的死亡乘客正是玉田和男，是被勒死的。柯南做出一些基本判断后，决定马上通知千钧报警，孩子们惊恐地看着柯南的身后。在电梯顶上慢慢升上来的尸体，尸体下面的是脸色铁青面无表情的馆长，津川暗藏铁管，哄骗孩子们跟自己回家。柯南毫不留情地揭穿津川藏毒杀人的罪行，津川惊怒交加，“你是什么人？”柯南做出标准的姿势，“柯南，我是个侦探！”津川大怒，抡起铁管冲了上来，柯南从下落的电梯入口跳了进去，元太堪堪将其接住。津川开始四处追杀侦探团，孩子们惊惶失措的逃窜。
在外面车里无聊至极昏昏欲睡的千钧，终于接到了柯南求救信号。千钧立即带着七夕剑冲入了图书馆，并用手机通知了目暮警官。津川疯了一样寻找侦探团，很快就跟千钧发生了正面遭遇，一边倒的战斗很快就结束了。津川馆长的铁管被削成了数段，自己满脸惊惧地瘫倒在地上，全身的骨头好像都碎掉一样。孩子们听到动静，一起欢呼着冲出来，用馆长自己的绳子将津川牢牢地捆起来。
随后，目暮警官、高木警官带着人马火速赶到，弄清楚了事情的真相后，将津川秀治正式逮捕。目暮警官指挥手下，将死去2日的玉田和男弄上来，进行初步的检验。高木警官带着几个手下负责搬运所有的毒品，目暮警官生气斥责，“高木，你今天怎么指挥搜查的，这么多毒品，还有尸体，你居然什么都没找到！”高木不停地擦汗哈依道歉，然后迅速转移话题惊叹，“这么多毒品，他从哪里弄来的，足够把牢底坐穿了！”
目暮警官十分生气，对侦探团的冒险行动进行了严厉批评，连千钧都被骂得狗血喷头。几个孩子耷拉着脑袋表示知道了，以后不会再冒险进行这种危险的行动了。千钧保证下次有事情一定先通知警方再行动，目暮警官的脸色才好起来，不过目暮也没有报太大希望，因为这已经不是第一次了，只是希望他们以后注意安全而已。
千钧带侦探团前往旗本餐厅，开始正式法国大餐。由于已经相对比较晚，餐厅的客人并不多，旗本祥二还特意过来跟千钧打了招呼，二人聊一下最近彼此的状况。在这个时间还有一些客人，证明旗本餐厅非常受欢迎。饿昏头的孩子们也立即被祥二亲手做的美食吸引了，开始狼吞虎咽，千钧边吃边称赞侦探团的表现，孩子们大为开心，只有步美感觉柯南有些心不在焉，柯南只是将其当做最后的晚餐。
晚饭后，千钧跟旗本祥二结账道别，开车前往毛利侦探事务所。用柯南的话来讲，江户川柯南最后的事件就此落幕。路上几个孩子还处在兴奋状态，完全忘记了在图书馆被吓得魂飞魄散的亡命而逃的惨样，“好紧张，好刺激啊！”“邪不胜正嘛！”步美见柯南不说话，“下次再来一次吧！柯南！我们是少年侦探团！”柯南正在YY自己告别孩子身体后的幸福生活。光彦也道，“有我们侦探团在什么疑难案件都解决了！”元太大吼，“好耶，大家继续加油！”大家举着拳头大喊，柯南暗笑马上就要跟你们说再见了。
到了毛利事务所附近，柯南叮嘱千钧一会儿去阿笠博士那边会合，就跳下车挥手告别匆匆离去。步美有些失落，“柯南……他好像要去很远的地方再也不回来了。”元太和光彦觉得步美一定在瞎想。千钧暗道女人的直觉真可怕啊。在将三个孩子送回家后，千钧急忙直奔阿笠博士处。
柯南为了恢复真身，兴冲冲地跑回事务所，小五郎依然在桌上呼呼大睡。柯南大喜，找了椅子，从壁橱上拿到了被小兰藏起来的中国白干，如获至宝地笑着离开。小兰在整理房间，听到柯南回来的声音，从里面走出来，嘴里埋怨柯南怎么这么晚才回家，却发现他又跑不见了。
阿笠博士听完柯南兴奋的描述，有些难以置信。千钧总觉得事情没那么简单，柯南恼怒，“你们是不是我朋友，居然不相信我。我喝给你们看，仔细看清楚哦！”柯南拿起酒瓶直接对瓶吹，博士和千钧都吓了一大跳，那可是高度酒啊！柯南觉得有反应了，身体开始发热。然而1个小时后柯南有些醉了，可是身体没有发生变化，酒也被他喝掉一大半。
博士推测应该是新一的身体已经对这种酒产生抗体免疫了，“也就是说你再怎么喝也没用了。”柯南恼羞成怒，“少开开玩笑，我今天必须变回去，一定是喝得太少了，量不够！”柯南不顾博士和千钧的劝阻将整瓶白酒全部喝了下去，结果彻底醉倒了。博士只好打电话告诉小兰，柯南今晚住在这里不回去了。千钧见柯南没什么问题只是喝醉睡着了，也起身回家去了。
第二日上学路上，侦探团3人发现柯南脸色难看，走路摇摇晃晃的，步美他们都担心地询问柯南怎么了，是不是又感冒了？柯南苦笑自语，只是宿醉未醒而已。千钧也回到帝丹高中上课，新学期又开始了，所有人都还是老样子，基本上没用什么变化。只是同学们非常奇怪，工藤新一怎么又没来上学，好像都已经2个学期没出现了。千钧暗道，他想出现来着，结果失败了。
尾声，津川秀治因杀害玉田和男，贩卖大量毒品，被法庭加重判处50年徒刑。他要想熬到出狱，至少活到百岁才有希望了。少年侦探团因破获图书馆失踪案件，警视厅给以了B级奖励。一时间侦探团再次占据了报纸头版，出尽风头，几个孩子自然兴奋万分，只有文乃抱怨，有这么重要行动居然没有通知她。