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柯南发现寺冈一直在看表，突然寺冈的手机响了。寺冈神情紧张，接完电话后，说要马上出去一下。毛利询问原因，寺冈说有个叫松山的暴力组织分子，昨晚上失手把赌博客人杀了，松山很早就不想干了，因此一直暗中充当寺冈的线人。事情到了这一步，寺冈决定亲自过去劝他自首。毛利担心寺冈一个人去有些危险，万一被松山逃掉，警视厅会问责寺冈的。
毛利觉得太危险了，应该马上联络警署。寺冈拒绝了，松山这些年帮了他不少忙，去自首的话加上寺冈的求情，罪名会减轻的，“再说，我已经答应去见他了。”寺冈坚持自己过去，不想辜负松山的信任。小五郎只好决定跟寺冈一起前往，并且威胁，“如果不行，我就联系目暮警部。”寺冈有些气恼，最后还是答应了毛利的请求，“不过，只能我一个人过去见他，你留在车上，明白吗？”小五郎点头答应。
约见的地点在公安码头13号仓库。寺冈单独回到房间取上衣，毛利三人与美佐子都等在门口，可是寺冈太慢了，连小五郎都等急了。寺冈出现了，说自己找钥匙花了一点时间。寺冈上车时，腿碰了车身一下，发出清脆的响声。柯南大吃一惊，“这个声音是……”随后寺冈带着毛利开车离去。小兰有些担心，“爸爸他没问题吗？刚刚明明喝了那么多酒！”柯南提议一起去公安码头，然后跑去叫了计程车。
路上，柯南悄悄用徽章呼叫千钧，让他尽快赶到公安码头。千钧刚刚绕了一个大圈返回东京，接到柯南的通知后，千钧只好驱车前往港湾码头。柯南和小兰赶到码头后，看见毛利侦探在蓝色汽车旁站立不安，千钧还没有到。小五郎很生气，“你们怎么跑过来的？”小兰只好说，“我们不放心爸爸，才急忙赶过来的。”毛利火大，“我当刑警、侦探都这么多年了，你们有什么可担心的？”柯南岔开话题问寺冈的情况，毛利说已经过去了，“他要我这里等他的信号。”
柯南恼怒，千钧怎么还没到啊，只好忽悠毛利，“我们也过去看看吧！”毛利担心那样会坏了寺冈的计划，“他一定会把我骂得狗血喷头的！”说话之际，千钧的车也飞速开至。千钧跳下车打招呼，毛利奇怪，“你怎么也来了？”千钧从柯南那里大致知道了情况，路上也找高木确认过了，“我听高木警官说有个犯人逃到这一带，就过来看看。”话音刚落，大家就听到了枪声。
毛利大惊，“学长今天没有带枪！”大家急忙跑到仓库里，看见寺冈站在里面，一个男子握着枪倒在地上，旁边还有一个蓝色行李包。毛利上前检查，倒在地上的松山已经死了。千钧拨通了高木的手机，他带着文良在附近这一带追捕松山，接到消息后，马上过来查看。目暮警官随后带队赶来，一起调查取证。
寺冈说他在说服松山自首的时候，松山突然把手枪拔出来，逼寺冈将手机和信用卡交给他。松山一开始就打算远走高飞，寺冈劝阻未果，后来二人发生纠缠，争抢手枪，结果手枪走火，击中了松山。小五郎认为这完全属于意外，目暮点头，“被松山杀掉的人叫什么？”寺冈表示不知道。高木疑惑，“那人是赌场的客人，叫洪山。案发后，不是警部你让我追捕松山的吗？”
目暮头疼，把高木拉过来，“你这个白痴，我这不是在试探寺冈吗？看他到底知道多少，以便确认到底是不是意外。”高木这才明白，尴尬地傻在那里。目暮回头问寺冈跟松山到底是什么关系，毛利抢先答话，“松山是寺冈学长的线人，他说想洗手不干了，屡次找学长商谈退出社团的事情，所以学长也很信任他。”寺冈苦笑，“没想到事情会这样，我会承担所有责任的，会发生这种事情，是我太想当然了。”
柯南却认为不是意外，而是蓄意的谋杀，凶手就是寺冈胜敏。千钧问是否上演沉睡小五郎，柯南摇头，“可我还没有证据，怎么办？”千钧也头疼，“现场没有别的目击者，谁也不能说寺冈在撒谎啊！”另一边，文良笑着说，“这应该算正当防卫吧，高木警官？”高木点头，“没错，枪是松山的，寺冈警部也只是自卫罢了，属于典型的正当防卫。”文良大喜，“案子解决了，这个坏蛋也死了，我们可以回去了，哦，云灵下午约了我去游泳……”
翌日，目暮和高木来侦探事务所做客，千钧和文良也被邀来。事情已经大致清楚了，赌博的洪山的确是被松山所杀，当时的凶器是一把匕首，匕首上的指纹与松山完全吻合。案件的起因是双方赌博，松山的赌金全部输光后引起纠纷造成的。目暮奇怪的是，“可松山为什么不用手枪行凶呢？那不是更保险吗？”文良笑道，“这还不简单，手枪的动静太大，用匕首的话影响范围小，逃脱也容易啊！”高木摇头，“开始我也这么认为，可他既然想缩小影响，为什么逃跑时不把匕首带走，或者将匕首上的指纹擦掉呢？”
千钧思索，“也许他是临时起意，杀死了赌客洪山，当时身上没有带枪只有那把匕首。逃走时，又太慌张了，没有处理匕首上的指纹。”大家都觉得这个推理还有点样子。毛利问起寺冈的处理，目暮解释，虽然寺冈的行为是正当防卫，可他身为警务人员，擅自去见逃犯，违背了警务规章，“大概会少领几个月的薪水吧！”小五郎这才放心。
柯南着急，松山不是没带枪，而是根本没有枪，到现在还没有人怀疑寺冈。目暮提到另外一件匪夷所思的事情，“那把枪上，除了寺冈和松山的指纹，还有第三个人的指纹。”毛利大笑，“警部，这还不简单，肯定是松山所属的暴力组织成员的指纹，仔细调查应该能找到。”高木摇头，“可我们已经把所有组员的指纹都核对过了，没有一个吻合的。”文良道，“也许是贩卖手枪的人。”目暮苦笑，“这个我们也想到了，可是依然没有找到吻合的前科手枪贩子。”
千钧击掌，“也许是松山的妻子或者家人，对了，还有情妇什么的……”高木依然摇头，“松山是单身，他的家人早就跟他断绝来往了。松山不大好色，没听说过他有情妇，他只好赌。”听完千钧的胡扯，柯南恍然大悟，露出笑容，原来真相是这样的。目暮警官提到，寺冈听说有第三个指纹的时候，表情非常奇怪，十分的惊讶。柯南眼镜光芒闪过，真相只有一个，开枪射杀松山的只能是寺冈胜敏。
当天晚上，柯南用变声器将毛利小五郎和目暮警官等人都忽悠到寺冈宅，千钧带着文良也一起赶过去。毛利批评目暮警官做事没谱，“都这么晚了，还让我们到寺冈学长家。”小兰更奇怪，“居然让我和柯南也一起跟过去。”5人赶到后，寺冈有些惊讶，没想到目暮警官将他们都叫来了。柯南说想要看电视，寺冈就认夫人美佐子带柯南去2楼，那里有电视。
美佐子打开电视机，柯南观看假面超人，美佐子很喜欢小孩子，还邀请柯南和小兰来家里住一段时间。美佐子离开后，柯南悄悄来到寺冈房间。柯南发现，垃圾桶里有一个录像带空盒子，打开后里面只有一块湿巾，有油的味道。柯南立即断定，寺冈将枪存放在这里的。这时，目暮警官和高木警官也都来了。柯南急忙跑下楼去。
于是搞笑的一幕开始了，目暮让毛利可以说了，毛利糊涂了，“不是警部你有话要说吗？”目暮大怒，“你在胡扯什么，明明是你把我们大晚上叫过来的……”柯南一看不好，急忙射出麻醉针，沉睡的小五郎出现了，请站立在旁边小兰、美佐子、千钧、文良他们都坐下。
“寺冈学长，其实把松山杀死的人是你才对吧！”大家都吃了一惊，寺冈嘲笑毛利还是老样子，高木笑着说，“这样说也没错，是误杀，正当防卫。”毛利侦探却否认了这一点，寺冈去见松山后，先将其打昏，再让松山自己握枪，对着胸膛扣动了扳机。寺冈当然不承认，“简直是一派胡言！毛利，你说这话，有什么证据吗？”
毛利侦探说出疑点，好酒的寺冈在烧烤时，竟然滴酒未沾。这个问题当时寺冈解释过，虽然有些勉强。第二疑点是寺冈不停地看表，显然非常注意时间，因为他跟松山约好了打电话的时间，所以没有喝酒，还把手机放在腰带上。当然，这个疑点也被寺冈轻易地否决了，警官随身带手机很正常。
第三个疑点是讲电话时突然声音变大，故意让毛利他们听到。第四个疑点是明明说了要尽快赶过去，却还故意阻止毛利跟着前去，但却把电话内容详细透露给小五郎。其实，寺冈在为松山准备钱跑路，双方是约好的。很多事情都是寺冈自编自演的，因为那时，松山早已经挂断电话了。寺冈非常了解毛利，知道他一定会跟着去，因此坚持要一个人见松山。寺冈希望跟着去的毛利为自己作证，证明自己当时根本没有带着武器。
因为需要毛利这个证人，所以电话才打得那么突然，寺冈夫人都认为丈夫是心血来潮，这是第5个疑点。去码头时，寺冈身上没有带枪，至少毛利没有看到。寺冈当时没有穿外套，只有在出门时才回房间取了外套。手枪实际上绑在寺冈右腿脚踝部，他要回房间取枪，妻子说要替他拿外套，寺冈就假装生气蛮横地拒绝了，让妻子等在外面，这是第6个疑点。
“怎么样，学长，你还有话要反驳吗？”寺冈大笑，“这些都是你的揣测，根本没有证据，这样根本不能成立，你应该知道吧！”小五郎叹息，“我是有证据的，就在那第三个人的指纹上。”目暮急忙提醒，“毛利老弟，我们还没有找到那个指纹是谁的。”昨天在大家等寺冈取外套时，寺冈美佐子神色不安地注视着2楼。当时，毛利误以为寺冈夫人是在替丈夫空手去见松山有些担忧，但事实并非如此，她是在担心丈夫偷偷将枪带在身上，从而引发不可控制的事情。
“也就是说寺冈太太早就知道学长将枪藏在哪里，早就担心有这么一天。”大家都惊讶，寺冈夫人的脸色也很苍白。寺冈夫人应该是在无意中找到了那把枪，就随手拿起来看过，然后又慌慌张张地放了回去。她一直想问丈夫，但最终没有说出口，不安的情绪一直忍到现在。但是寺冈却不知道这件事情，那天还是带枪去射杀了松山。
“所以说，那枪上的第三个人的指纹不是别人的，而是寺冈美佐子夫人的。”大家这才明白过来，文良抱怨，“毛利大叔，真是的，你说了这么半天，这句话才是重点。”千钧苦笑，新一的推理就是这样，先把案件疑点一步步理顺，让案情清楚明朗，到最后才指出最关键的证据。目暮警官正色问，“寺冈太太，是真的吗？”寺冈美佐子难过地低下头，“毛利先生说的没错。”寺冈胜敏跳起来，“美佐子！”
事情到了这一步，真相已经揭晓了。寺冈也不再抵赖，他当年跟松山有过情报交易，他将警方的行动告知松山，松山付酬金给寺冈。之后又涉及到了很多秘密交易，后来松山杀人被通缉，威胁寺冈胜敏准备跑路钱。寺冈担心松山被捕后泄露这些秘密，就计划杀人灭口。那把手枪是寺冈在一次执行任务时从犯人那里弄到的，一直没有上交。寺冈的行为让警界蒙羞，他鞠躬向目暮道歉，寺冈夫人捂着脸痛哭，目暮叹气，挥手示意，高木上前给这位前辈戴上手铐。
尾声，寺冈胜敏杀死松山，屡次出卖警方情报，被警视厅革职除名，法庭判决寺冈10年徒刑。毛利小五郎因破获该其第三指纹谋杀事件，警视厅给以B级奖励。寺冈胜敏的事情，让警方非常被动，媒体上都是口诛笔伐的严厉谴责。这件事情，在警视厅也引起轰动，松本警视不得不将所有警员召集起来，三令五申地警告大家，寺冈就是前车之鉴，希望大家要引以为戒。
千钧带着酒去看望毛利，毛利小五郎在事后知道了真相，一直郁郁寡欢，“人类这种动物还真是没有定数啊，想不到寺冈学长会这样。”小兰安慰老爸，“不过，寺冈先生最后也说了，没想到你真是名符其实的名侦探了。我想寺冈先生心里还是很高兴才对，因为爸爸是他一手带出来的。”小五郎依然趴在窗台发呆，“是吗？”小兰有些无计可施了，千钧摇头，“自己最尊敬的人被自己亲手抓进监狱，换做是谁都会非常沮丧难过的。”柯南突然说，“寺冈先生其实把那把枪放在他收藏的录像带里面。”
柯南从沙发上跳下来，“叔叔不会也在里面藏了些不该藏的东西吧！”说完，柯南笑着跑到大叔藏录像带的柜子里，拿出一本写着“上级将棋”的录影带盒子。小五郎大惊失色，“喂喂，不能打开！”小兰和千钧都好奇起来，“这里面好像也放了不寻常的东西吧！”柯南打开了盒子，里面都是小五郎和各种美貌女郎亲热的照片，柯南暗暗叫苦，急忙将盒子扣上，但还是有几张照片落在地上。小兰捡起来观看，那是一张大叔喝醉跟兔女郎在一起亲密照片。小兰大怒，“爸爸！”小五郎见女儿要发飙，满头大汗，“不是那样，这只是应酬，没办法嘛！”
小五郎很是恼火，呵斥柯南，“可恶，都是你这个小子给我找麻烦！”柯南一看不好，急忙将盒子扔了出去，里面的艳照飞得到处都是，“你以后还是别藏在这里了！”然后跳到千钧肩上，“快跑啊！”二人向外跑，小五郎在后面追，小兰发飙，追在最后，“爸爸，你给我站住！”事态平息后，千钧开车回家的路上，收到了山本一夫发到报纸上的消息，知道了双熊的代号，阿特拉斯棕熊和摩洛哥棕熊。
千钧回到住处，跟静杨她们3人谈起第三指纹的事情，感慨道，“寺冈万万没想到纰漏会出在妻子身上。”静杨道，“那是因为他自认可以瞒过枕边人，哼，怎么可能呢！”直子笑道，“千钧，你不会也有什么重要的事情瞒着我们吧？那个寺冈就是你的前车之鉴啊！”千钧有些发虚，“怎么会呢，我所有的事情都向你们通报，没有一件事情是隐瞒的。我可以向佛祖发誓……”三女一起嘘他，小雅忽然想起，“我们去看看千钧在抽屉里面那个盒子里放的是什么吧？说不定很有趣……”
千钧大惊失色，急忙阻止，但是小雅她们三个互相配合，还是顺利拿到盒子，将其打开。里面是千钧偷拍的美女照片，都是以前见到的或者认识的女子，也偶尔有比较露骨的那种照片，千钧把美女照片当做一种收藏爱好。三女脸色都很不好看，千钧急忙道，“我只是欣赏美女而已，没有什么不轨的想法……”随后就是一阵鸡飞狗跳，“千钧！你给我站住别动！”“我的剑呢，看我不砍死你！”“你去找你的美女吧，今天晚上不准回家！”千钧大喊，“我要人权……”