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阿尔法战争进行了三年，帝国的历史教科书上将这场战争称为“阿尔法之耻”。而在星际政府的教材上则称之为“阿尔法圣战”。
按照星际纪年法来算，三年一共是一千五百天。在这一千五百天里面，星际政府频频还将。而帝国却又时时添兵。因此在第二个星际年里，阿尔法星已经是满目疮痍了。但到底谁还是没有赶走谁，战争的结果还是平手，帝国和星际政府之间依旧是一种胶着状态。若不是星际政府的政策变化，或许这次战争还会继续的打下去。对于帝国而言，损失了一直八旗铁骑也是一件意料不到的事情。而八旗军队的损失，却也没有得到一个很好的效果。在能量塔被摧毁的第五个月，星际政府的增援又重新建造了能量塔。这样又很快的切断了帝国部队和附近的支援星球的联系。能量塔的建立，使得帝国和星际政府在能量塔附近又展开了一场大战。这场大战被称为“平原之战”。这时星际政府以及帝国在对战之中最大的一场在星球表面上进行的战斗。双方投入的兵力超过百万，战斗的阵地长大数千公里。在这场战斗中，无论是绝尘，三鹰还是杀蔻，都加入到其中去了。甚至在阿尔法星上的芈龙也加入到这场战争中去。星际政府把阵地建立在了芈龙的领地上，而当帝国的部队攻入星际政府的领地的时候，芈龙在这两支部队打得最激烈的时候加入，不分敌我的进行攻击。帝国为了报复芈龙对芈龙的领地投放了大量的陨石，这也才使得自己的部队得以安全撤离。而这场战争的结果还是以帝国夺取能量塔而结束，星际政府在这场战斗中元气大伤。
但是在围绕着阿尔法星的空间战争中，星际政府一直都占着很大的优势。在哈德森将军的带领下，星际政府的一次打援战进行的十分顺利。他们绕过阿尔法星，直接攻打帝国在阿尔法星附近建立的凡尔要塞。这次长途的偷袭十分的成功，哈德森的部队几乎没有任何的损失，就直接打掉的帝国进一个月的战斗补给。作为报复，帝国在要塞受到袭击的第二天就发动了反攻，一举拿下了星际政府在阿尔法星上的几个高能矿厂。
而这次战争的最大受益者就是司徒信，这个星际帝国的独裁者。他利用这次战争的失败直接降罪于斯图亚特，除去了这个他统一帝国的最大障碍。当然，作为除去司徒信的代价，他同样也断绝了和暗黑一族的来往。因为整个帝国里面，能和暗黑一族取得联系的也只有司徒信一人。不过对于司徒信来说，有没有暗黑一族的支持也没有什么大的关系。帝国已经建立了强大的光战士部队，同样的，也掌握了相应的高能科技。只要暗黑一族处于中立状态，那么他想统治整个宇宙，也不过是时间的问题。司徒信的下场很惨，没有人知道他是怎么死的。他本来是在一个安静的下午享受晚餐，但从天而降的御前侍卫直接就把他给带走了。帝国从未宣布他有什么罪名，也没有宣布他得病或者辞职。只是在他被带走三小时之后，帝国就宣布宰相已经更换为阿尔斯托。而后的这几天，斯图亚特的星球统统改名换姓。他的所有的亲人不是外逃就是失踪，甚至还包括一些和他交往甚密的人。就连这些人的亲朋好友，大部分也都不见踪迹，其中还包括襁褓中的婴儿。
朝廷里面没有任何的反对司徒信声音，好像就在一夜之间，帝国就已经改朝换代了。不少的大臣被处死，流放。而这些大臣都是之前和斯图亚特来往十分密切的重臣，而他们被处死的罪行也十分的简单。不是谋反，而是贪污受贿，有的大臣则是被宣布病死。这是司徒信在政治上最大的成功，他在一夜之间就权倾朝野，一人独霸着一个星域的宇宙。
唯一让司徒信感到失望的就是阿尔法星的，星际政府也太不把他放在眼里了。不过这样也好，和星际政府的战争，同样也暴露出了帝国自身武装力量的问题。他本来想御驾亲征，但是当他看了自己统治领域的各种报告之后就打消的这样的念头。各个星球里面存在各种各样的问题，不仅仅是贪官污吏，在军队里面同样也存在吃空饷，用兵不利的腐败。斯图亚特留给他的帝国，并不是日常他接到的那种平和的帝国，而是一个已经腐败烂到根子里的帝国。这样的帝国，居然还在斯图亚特的游说之下发动如此大规模的战争，这简直就是给自己掘坟。他渐渐感觉到，此时的星际帝国的武装力量正在一点的衰退。就以往来说，打一颗星球根本就用不着出动星际铁骑。但是这次不仅仅出动了一旗的部队，而且还全军覆没。大了那么久的战争却毫无效果，而要是直接撤军，那么在帝国的面子上又有些过不去。不仅仅如此，帝国很有可能在他们撤军的时候突然袭击。论空间战争，帝国还不能算得上是星际政府的对手。对于帝国来说，最可怕的西边的叛乱。虽然在帝国部队出征之初基本上已经被平定，而随着帝国对外战争的扩大化，西边几个星球居然开始了联合的叛乱。星际铁骑已经分派三旗去镇压，一旗正在建设之中。而皇族的正黄旗是绝对不能动的，剩下的两旗也分别派到阿尔法星的要塞附近驻扎去了。而在阿尔法星的那只已经被消灭的铁骑，却也还在建设之中。这种种的事件联系在一起，让这个刚刚亲政的司徒信也是一筹莫展。正在他觉得一筹莫展的时候，星际政府提出的和平解决边界争端的想法也是十分符合他的意图。
两边都同意和解，这样子就很好谈了。但是在和议的细节上又出现的较为严重的分歧，虽然双方都同意和解，但是谁都不肯让步。在和谈上的不顺利，又导致的小规模的战争。这样小规模的战争，也是双方想在和谈判桌上给自己争取最大的利益。然而这样的战争还是无果，最后还是绝对划地而治。阿尔法星的东边给星际政府，而西边归帝国。